Yarım saatte okula varıyorum; hazırlık 38 dakika, bekleme 2 saat 13 dakika ve soğuma 21 dakika sürüyor. Bu sefer bölüm koridorları nispeten daha boş–üst katta yalnızca bir lab açık–ve oradan da koridora, 80′lerin rock müziği tınıları yayılıyor. Bu garip kimsesizlikten dolayı, her zamanki gibi sadece-haftasonları-karşılaşan-ve-haftasonu-lab-ta-olduğu-için-hem-hüzün-hem-anlayış-dolu selamlaşmalar yaşanmıyor hiç.

Bekleme süresince, yarınki (yarın pazar!) sınavıma çalışıyorum, yanında da biraz müzik. Başım rock/metal kaldırmayacak kadar ağrılı, kafam caz kaldırmayacak kadar yorgun. Radyo listesinden bir blues istasyonu seçiyorum, lab’taki gereksiz ışıkları kapıyorum, sesi iyice yükseltiyorum. Nedense böyle zamanlar hep bana, Superman’in Fortress of Solitude‘a sığındığı zamanları çağrıştıyor. Halbuki, ne kendimi Superman’le (bir karşı-kahraman olsa neyse), ne de genelde insan kaynayan lab’ımızı şahane bir kaleyle özdeşleştiriyorum. Garip.

Saat 10:27 gibi okulun dış kapısını kitliyorum, yukarıda tez savunması yaklaştığı için deneylerini apar topar yetiştirmeye çalışan bir yüksek lisans öğrencisinin bulunduğu lab’ın ışığı yanmaya başlamış, azıcık içim hüzünleniyor. B kapısından çıkıp her zamanki yokuşu tırmanıyorum, bana nice sabahlar Eti Cin/Süt desteği sağlamış bakkal teyze de dükkanı yavaş yavaş toparlıyor. Yarın gelirken yine uğrarım, yine sağdaki raftan sütü ve kurabiyeyi alır, hep unuttuğum fiyatı tekrar sorar, yine “1.750 yavrum” cevabını alırım diye kuruyorum kafamdan. Bu yol, genelde kuruntularla geçip gidiyor zaten.

Eve gelirken, okulun yurdundan çıkan bir grup süslü-püslü insanla karşılaşıyorum. “Taksim’edir herhalde” diye geçiriyorum içimden. Yamuk kaldırımda topuklularla zar zor yürüyen kızlardan birisi, karşı yönden gelen bana kaçamak bir bakış atıyor; hafif beğenmiş olacak ki  gülümsüyor. Hızlı hızlı yanlarından geçiyorum. İki saniye sonra onlar arkamda, ben onların bıraktığı ağır koku hüzmesinde öksürerek eve doğru yol alıyorum. Bir şeyler yer, bilgisayardan bir dizi izler, biraz çalışır yatarım diye geçiriyorum içimden. Yarın da sınava kalkar, dönerken lab’taki işlerimi bitiririm diye planlıyorum. Bir cumartesi daha geçip gidiyor.

Hayat ne garip… Gelişim biyolojisi, Galois grupları falan.

]]> http://armish.linux-sevenler.org/blog/2009/05/23/cumartesilere-yabancilasmak.html/feed 0 http://armish.linux-sevenler.org/blog/2009/04/23/openofficeorg-bioinformatics-biyoenformatik-sablon.html http://armish.linux-sevenler.org/blog/2009/04/23/openofficeorg-bioinformatics-biyoenformatik-sablon.html#comments Thu, 23 Apr 2009 07:46:15 +0000 B. Arman Aksoy http://armish.linux-sevenler.org/blog/?p=233 Here is the download link. Enjoy!

1. Gün

Şenlik alanına bir 20 dakika kadar gecikmeli vardım ve ilk dikkatimi çeken şey kayıt numaram oldu: 303. Kendi kendime numaranın neden bu kadar büyük olduğunu düşünürken, günün ilk konuşmacılarından Douglas Crockford‘un olduğu salona girdiğimde pek çok şey açığa kavuşmuştu bile: dolu dolu bir salon.

Douglas’ın sunumunun sonundaki kodları, kürsü önüme geldiği için pek görememeye başlayınca işin ucu kaçtı ve soru/cevap aşamasına geçildiğinde, bir kahve için dışarı çıktım. Kendime koyu bir kahve yaparken, yandaki dolaptaki güzellikler gözümden kaçmadı tabii:

Sunum aralarını genelde kalabalık salonda, çoktandır–neredeyse 2 sene–görmediğim dostlarla sohbet ederek geçirdim. Günün devamında önce Stefan Koch‘un, arkasından Enver Altın‘ın sunumunu izledim. “Linux Nasıl Savunulmaz ve Tanıtılmaz” başlığı altında eski maceralar anlatıldı, günümüzden bir-iki sorun ortaya koyuldu; eğlenceli, güzel bir sunumdu.

Saat 15:00′tan 16:30′a kadar biraz sunumuma göz atıp, sonra da okuldan gelen arkadaşlarımı karşıladım. Sunum, 15-20 dinleyici ile geçti. Sanırım dinleyenleri günün sonunda çok sıkmadan uğurlamayı başardım. Arkasından Bilgi Üniversitesi’nden çıkıp; İstiklal’de yemekti, sohbetti, eve dönmeydi derken saat geç oldu, günün yorgunluğuyla bir güzel uyumuşum zaten.

2. Gün

İlk konuşmaya gitmek için erken kalkayım diyordum, ama yine öngörülen 15-20 dakikalık gecikme ile BS1 salonuna vardım. Cuma günküne göre birazcık daha az bir kalabalık vardı. Google’dan Jonathan Conradt‘ın sunumu ile bol bol–ve artık klasikleşmiş–”Google şöyle süper, böyle süper” söylemleri duyduk,  sonra şöyle hızlıca bir Chrome bilgilendirmesi geldi. Conradt, sunumun en son kısmında web arayüzünden gönderilmiş sorulara tek tek cevap verdi, arkasından da salondakilere söz vermeye başladı. “Eee, siz şimdi tekel olmadınız mı, hani kişisel gizlilik, bik bik…” gibi klasik sorulara genelde esprili ve sakin cevaplar verdi, sıkılgan yüz ifadesinden bolca kaçındı.

Conradt’ın arkasından nargile sever insan Sebastian Kügler‘den KDE4′ün yeni cicilerini ve teknolojilerini dinledim. Bir gösterim sırasında, kendi bilgisayarında yüklü olan kararsız KDE4′ü çökertmeyi başardığı sırada, bir Fluxbox’çı olarak kara kara düşünmekteydim. Bu sırada Gökmen ile Gökçen de yanımda sunumlarına göz atıyorlardı:

Arkasından Gürer Özen‘in sunumunda İnci ile tanışma fırsatı buldum. Sunumda adı geçen özgür yazılımlar kafamda yeni yeni projeler kurmama, sonra da nasıl olsa yapacak vakit olmadığından bunlardan vazgeçmeme vesile oldu. Soru kısmında, bir seyircinin ardı arkasına gelen sorularını saymazsak, şenlikte izlediğim teknik yönden en aydınlatıcı sunumdu.

Bir arkadaşımı karşılayacağımdan, saat 15:00 gibi Bilgi’den ayrılmam gerekmesine rağmen, oyun turnuvalarından birkaç poz almadan çıkamadım açıkçası:

Böylece benim, yani nam-ı diğer #303′ün şenlik macerası burada noktalanmış oldu. İki gün boyunca dolu dolu, keyifli vakit geçirdim; ne yazık ki şenlikle ilgili hiçbir konuda yardımda bulunamadım. Darısı gelecek şenliklere artık, bu seferkinde canla başla uğraşmış herkese teşekkürler.

Son olarak (tekrardan) çektiğim tüm fotoğraflara şuradan göz atabilirsiniz. Titrek ellerim, ISO400′ler, apaçık diyafram, uzun pozlama süreleri gösteriyor ki artık yeni bir makineye ihtiyacım var. :|

Biyoenformatik başlığı altında, çok fazla terminolojiye girmeden güncel gelişmelerden ve İnsan genom projesi, protein katlama problemi, FightAIDS@Home, semantik-biyolojik ağlar gibi örneklerde özgür yazılımın ve özgür verinin öneminden bahsetmeyi düşünüyorum.

Biyoloji/Genetik ile ilgili bazı sorunların çözümünde bilgisayar bilimine ne kadar bağlı olduğumuzu görmek isterseniz veya bilgisayar biliminin değişik alanlarından uygulamalarından hoşlanıyorsanız, bu  konuşma size göre olacak. Konuşma ile ilgili birkaç ipucu da vereyim, tam olsun:

04:30 – Gerçekten uyan. Güzel bir müzik aç. Telefonda cevapsız çağrıları, mesajları gör; ne zaman olduklarını, seslerini ne zaman kapadığını hiç hatırlama.

05:00 – Acıktığını hisset, mutfağa sürü ayakları. Su ısıtıcıda yeterince su var, iyi. Düğmeye bas, o kaynaya kadar buzdolabı açık bir şekilde bekle. Belki göremediğin bir kahvaltılık? Su kaynadı, sanırım yine hazır kurabiyelerden.

05:15 – Gmail, Google Reader, Ek$i Sozluk, Twitter, deviantArt beşlisine göz at. İnsanları takdir et. Konsantre olma zamanı, ders çalış.

06:00 – Gökyüzü şahane bir şekilde kızıllaş, karın tokluğu sıcaklığı iyice bastır. Dışarılara doğru bak, ruh açlığı baş göster, hafiften titre.

07:00 – Beyin duman ol. Soyutluklar içinde kaybol, zaten çalışma odasına dolmaya başlayan sabah Güneş’inden bunal.

07:15 – Kütüphanenin önünde bir süre göbeğini kaşı. Televizyon yanındaki sehpadan kitaba uzan. Ne kadar okumuşum diye şöyle bir bak, ‘aferim’ de kendine. Kaldığın sayfayı aç, devam.

08:30 – Gözler yorul, kafa dol, sosyal meseleler üzerine düşünmüş ol. Müziği banyoya taşı, uzun uzun banyo yap.

09:00 – Ders çalış. Acele de olsa planladığın yere gelmeye çalış.

10:30 – Kafa sonuna kadar dol. Tatlı bir şeyler at ağzına, gardırobun karşısında hangi tişörtü giyeceğine karar ver, sonra ütüle.

11:00 – İnsan içine çık, okula var. Pırıl pırıl parlayan güneş, gözler acı. İnsanların uyanamamış suratına bak, garip ol biraz. “Dersler, sınavlar, yapılacaklar” diye söylenen insan topluluğuna karşı sadık bir birey olarak kafa salla; kafanın doluluğunu, daha önemli sandığın şeylerle meşguliyetini çaktırma. Normal olmaya gayret et. Ağzının yanını yanak kaslarını zorlayarak ger ve bunları tüm gün unutmamaya zorlan.

11:15 – Deneylere başla, derste kitabın aynısını işleyen hocaların derslerine girecek motivasyonu kendinde asla bulama.

13:00 – Hafif acık, koyu bir kahve yap; yanında tatlı bir şeyler atıştır. Unutmaman gerekenleri unutma. Zamanlayıcının kaç dakika daha sayacağına göz at, zaman çabuk geçse diye evrene yalvar.

14:40 – Lab’dan çık, hızlı hızlı insanların arasından yürü. Ayaklar zorla hareket et, yorulduğunu hisset; gözler hafif küçül. Yolda birkaç tanıdıkla karşılaş; yanak kasları acı. 10 dakikalık yol için, sıkış tepiş servise binmek için çirkefleşen insanlardan kaçır gözleri, kulaklıktan gelen müziğin sesini yükselt. Yürürken çaktırmadan insanları kes, her birine bir rol ata kafandan; bazısını sev, bazısını sevme.

15:00 – Sınıfa var, hocanın sağlak mı, solak mı olduğunu düşün; sağda en arka köşeye yerleş. Yerleşirken illa bir yerlere takıl, abuk subuk ol. Çantanı ve eşyalarını sola koy, birinin oraya oturmamasını um. Umduğun şey, asla olma.

16:50 – Ders bit, sen de. Oksijensizlikten kırılan sınıftan zorla at kendini, hafif soğuyan hava sana iyi gel, eve doğru yürümeye başla; radyo eksen’de güzel müzik çalmasını bekle. Yoldaki marketten yiyecek bi’şeyler al, kahvaltı için malzeme almayı hatırlat kendine.

17:30 – Eve var, kulaklığı çıkarır çıkarmaz, bilgisayarın hoparlörünü aç. Üstünü başını at, keyfince bir yemek pişir. Artan bir kişiliği streçle kapla, yarın için dolaba kaldır.

18:30 – Yemeğini alıp TV karşısına geç; cnbc-e’de ne var göz at. Düzenli izlediğin bir şeyse sevin, kumandayı rahat bırak. Yoksa tüm yemek boyunca kumandanın ‘yukarı’ tuşuna basılı tut.

19:30 – Mutafağa git, su ısıtıcının sesi bu sefer hafif içini sık. Kahveni al, bilgisayar başına geç. Yüce 5′liyi tekrar kontrol et, okumaya değer bir şeyler olmasını deli gibi iste, bazen bul. Kahven bitince ders çalış/yapılacakları yap.

21:30 – Gözler deli gibi yan, yatak deli gibi seni çağır. Bildiğin halde saate bir daha bak. Bir saat uyuyup geri kalkarım diye kendini şartla. Aileyi ara; havadan sudan konuş, iyi evlat ol: yorgunluğu çaktırma.

22:00 – Dişini fırçala. Macunun tadı sana ilaçları, o düşünce de sana hasta olduğunu hatırlat. Üşümeni ateşe, halsizliğini gribe ver. Hastalığının hangi evren paralelliğinde olduğunu düşün, saçmala. Yatağa uzan, hakkın olan bir saat uykunun harcadığın her dakikasına yan, ama bin bir türlü düşünceyi aklından bir türlü çıkarama.

22:50 – Çaktırmadan uykuya dal.

23:00 – Çalan alarmı, şartlanmış hareketlerle kapat, geri yatağa yat; ama bunları zihinden hemen at.

(+1) 04:00 – Kendiliğinden uyan. Yine uyuya kaldığını farket, kendi haline hafif gülümse.

(+1) 04:30 – Gerçekten uyan. Güzel bir müzik aç.

(+1) 05:00 – Acıktığını hisset, mutfağa giderken kahvaltı için farklı bir şeyler almayı unuttuğunu hatırla, yine hazır kurabiyelere dadan.

…

Figure 1: 14.7 gels per month since 09/2007*. Gel images clearly show that this student has been significantly obsessed with his work.

* based on months this student was actually working at the lab.

]]> http://armish.linux-sevenler.org/blog/2009/03/22/undergrad-life-molecular-biology-and-genetics-agarose-gel-electrohoresis.html/feed 0 http://armish.linux-sevenler.org/blog/2009/02/10/google-summer-of-code-2009.html http://armish.linux-sevenler.org/blog/2009/02/10/google-summer-of-code-2009.html#comments Tue, 10 Feb 2009 20:10:08 +0000 B. Arman Aksoy http://armish.linux-sevenler.org/blog/?p=176 Eski öğrencisi e-posta listesine düşen bir duyuru ile öğrendiğime göre Google Summer of Code 2009 için afişler ve logolar hazırlanmaya başlanmış bile. Görünüşe göre 9-13 Mart içinde AKK proje başvuruları, 23 Mart-3 Nisan arası ise öğrenci başvuruları kabul edilecekmiş.

Demek ki başvurmayı düşünenler için GSOC ile ilgili bilgi edinebilecekleri bir iki yazı okuma ve kafalarının bir köşelerinde yapmayı düşündükleri veya yapageldikleri projeleri yavaş yavaş tartmanın vakti gelmiş çatmış bile. Duyurulur.

He came on tiptoe,
he came on the sly,
sweat on his forehead,
and on his lips-a lie.
“Son, are you happy? I don’t mean to pry,
but do you dream of Heaven?
Have you ever wanted to die?”

Melancholy Death of Oyster Boy and Other Stories by Tim Burton.

make[1]: *** No rule to make target `tags/id3v1.c’, needed by `libbmp_scrobbler_la-id3v1.lo’.  Stop.
make[1]: Leaving directory `/path/to/src/xmms-scrobbler-0.4.0′
make: *** [all] Error 2.

No worries, cos it’s definitely due to a few missing source files under tags/ and these files can directly be copied from the previous version (0.3.8).

Either you can copy them manually, or you can download the complete source package here: xmms-scrobbler-0.4.0.tar.bz2.

Happy last.fm scrobblings ;)

Proje boyunca gelen/giden geliştiricileri, sürüm çıkartma zamanlarındaki hareketliliği ve geliştiricilerin ‘aşk’a geldikleri anları izlemek gerçekten çok zevkli :)

Görselleri hazırlamak için http://svn.pardus.org.tr/uludag/ deposunu kullandım, müziği ise ilk aklıma geldiği gibi seçiverdim. Biliyorum her şey daha iyi olabilirdi ama o da başka zamana artık ;)

Videoyu buradan indirebileceğinizi söylemiş miydim?

Düzeltme: RSS Feed’e gömülü züp züp çıkmamış, resim yaptım bağlantı verdim.