Artık buraya gönderim yapmayacağım dedim, ama daha dağınık ve laubali de olsa, belki Tumblr hesabıma da bir bakmak istersiniz diye düşünmüştüm: http://armish.tumblr.com.

Artık uzatmalarını oynadığım lisans eğitimimin, muhtemelen son yazını değerlendirmek için geçen iki ay boyunca Gerstner Sloan-Kettering (GSK) Biyomedikal’in yaz stajı programındaydım. Tam adı Summer Undergraduate Research Program olan, ama genelde kısaca SURP diye bilinen bu program, aslında yalnızca GSK’ya özel bir şey değil. New York dahilindeki pek çok üniversite (NYU, Rockefeller, Columbia, CSHL vs.) ve bazı diğer üniversiteler eş zamanlı olarak SURP yürütüyor.

SURP olanağı sunan yerlerin aynı zamanda doktora programları da olduğundan, tahmin edersiniz ki, SURP’ler aslında okulların kendi doktora programlarını pazarlama araçlarından yalnızca biri. Dolayısı ile 10 haftalık yaz programı boyunca lisans öğrencilerine, lisansüstü öğrencilerin olanaklarının çoğunun tanınmasının ve onlara krallar gibi davranılmasının arkasında değişik nedenler var. Tabi bu nedenler, SURP’e (uluslararası yaklaşık 500 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinin , ortalama bir doktora programına (yaklaşık 100 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinden daha yarışmacı olmasında da etkili; zira herhangi bir SURP’e kabulünüz ve program içinden alacağınız bir referans, benzer doktora programlarına kabulünüz için bulunmaz bir bilet haline dönüşüyor.

O şekilde veya bu şekilde, bu programın sunduğu olanaklar–Nobel ödüllü bilim insanlarından konferanslar dinlemek, New York Academy of Science önizlemesi, önyargısız ve tam güvenli bir şekilde araştırmanın bir ucundan tutma şansı verilmesi vs.–Türkiye’de lisans eğitimini tamamlamakta olan bir öğrenci olan ben için eşsiz bir deneyimdi. Ne yazıktır ki, Türkiye’de lisans öğrencileri bırakın araştırma projesi yürütmeyi, daha en temel lab yöntemlerini bile doğru düzgün uygulama fırsatı bulamadan mezun oluyorlar, mezun olmak zorunda kalıyorlar. Bu durumun incelemesi ise yakın zamanda başka bir yazıya.

Neyse, azıcık da iki ay süresince neler yaptığımdan bahsedeyim: Program boyunca, CBio‘da ve Chris Sander‘ın grubunda “Biyolojik yolakların hizalanması ve yolak verilerinin entegrasonu” üzerine çalıştım. Program sonunda ise ortaya şöyle bir (İngilizce) poster çıkabildi:

Çalışma koşullarım normal şartlar altında, sabah saat 9:00′da elimde kocaman bir bardak kahve eşliğinde bilgisayar başına oturup, öğlen yemeğinde kalkmak ve sonrasında geri gelip yorulana kadar (~18:00) bilgisayar başında çalışmak oldu. Böyle bir çalışma ortamı, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoenformatik alanında araştırma yapan lab’ların en çok sevdiğim yanı. Neredeyse tüm gün bilgisayar başında oturup, biyolojik veriler üzerinde çalışabiliyorsunuz ve etrafınızda genelde her konuda (Bilgisayar Bilimi, Genetik, İstatistik, Biyoloji, vs.) danışabileceğiniz veya tartışabileceğiniz insanlar oluyor.

Bu iki aylık süre içerisinde benim danışmanlığımı/tartışmanlığımı ise Emek Demir yaptı. Bu son staj ile beraber, Emek’in yanında toplamda 4 ay geçirmiş oldum, ama bu 4 ay içinde kendisinden normal bir zamanda 4 yılda öğrenebileceğim kadar şey öğrendim. Bu yüzdendir ki kendisinin ne kadar şahane ve kültürlü bir insan olduğunu anlata anlata bitiremeyebilirim. Biyoenformatik çalışma isteğimi körüklemiş, Emek’le tanışmama vesile olmuş ve bu zamana kadar akıl hocalığımı yapmış bir diğer şahane insan ise Murat Çokol. Önümüzdeki doktora başvuruları da umarım iyi geçerse, kendilerinin izlediği yola adım atıp, peşlerini bir süre daha bırakmayacağım gibi görünüyor :)

“Oho, saat 6 olmuş bile” diye geçiriyorum önce içimden; günlerden cumartesi, dışarıda parıldayan ama batmaya hazırlanan güneş… “Eh, artık çıkmam gerek: şimdi giyinsem, 15 dakikada okula varsam, yarım saat hazırlık, 2 saat bekleme, 10 dakika soğuma derken ancak 10 gibi dönerim” diye, şikayetçi değilmiş gibi, geveliyorum lafları.

Yarım saatte okula varıyorum; hazırlık 38 dakika, bekleme 2 saat 13 dakika ve soğuma 21 dakika sürüyor. Bu sefer bölüm koridorları nispeten daha boş–üst katta yalnızca bir lab açık–ve oradan da koridora, 80′lerin rock müziği tınıları yayılıyor. Bu garip kimsesizlikten dolayı, her zamanki gibi sadece-haftasonları-karşılaşan-ve-haftasonu-lab-ta-olduğu-için-hem-hüzün-hem-anlayış-dolu selamlaşmalar yaşanmıyor hiç.

Bekleme süresince, yarınki (yarın pazar!) sınavıma çalışıyorum, yanında da biraz müzik. Başım rock/metal kaldırmayacak kadar ağrılı, kafam caz kaldırmayacak kadar yorgun. Radyo listesinden bir blues istasyonu seçiyorum, lab’taki gereksiz ışıkları kapıyorum, sesi iyice yükseltiyorum. Nedense böyle zamanlar hep bana, Superman’in Fortress of Solitude‘a sığındığı zamanları çağrıştıyor. Halbuki, ne kendimi Superman’le (bir karşı-kahraman olsa neyse), ne de genelde insan kaynayan lab’ımızı şahane bir kaleyle özdeşleştiriyorum. Garip.

Saat 10:27 gibi okulun dış kapısını kitliyorum, yukarıda tez savunması yaklaştığı için deneylerini apar topar yetiştirmeye çalışan bir yüksek lisans öğrencisinin bulunduğu lab’ın ışığı yanmaya başlamış, azıcık içim hüzünleniyor. B kapısından çıkıp her zamanki yokuşu tırmanıyorum, bana nice sabahlar Eti Cin/Süt desteği sağlamış bakkal teyze de dükkanı yavaş yavaş toparlıyor. Yarın gelirken yine uğrarım, yine sağdaki raftan sütü ve kurabiyeyi alır, hep unuttuğum fiyatı tekrar sorar, yine “1.750 yavrum” cevabını alırım diye kuruyorum kafamdan. Bu yol, genelde kuruntularla geçip gidiyor zaten.

Eve gelirken, okulun yurdundan çıkan bir grup süslü-püslü insanla karşılaşıyorum. “Taksim’edir herhalde” diye geçiriyorum içimden. Yamuk kaldırımda topuklularla zar zor yürüyen kızlardan birisi, karşı yönden gelen bana kaçamak bir bakış atıyor; hafif beğenmiş olacak ki  gülümsüyor. Hızlı hızlı yanlarından geçiyorum. İki saniye sonra onlar arkamda, ben onların bıraktığı ağır koku hüzmesinde öksürerek eve doğru yol alıyorum. Bir şeyler yer, bilgisayardan bir dizi izler, biraz çalışır yatarım diye geçiriyorum içimden. Yarın da sınava kalkar, dönerken lab’taki işlerimi bitiririm diye planlıyorum. Bir cumartesi daha geçip gidiyor.

Hayat ne garip… Gelişim biyolojisi, Galois grupları falan.

Sonra şöyle düşündü Küçük Prens: “Eşsiz bir çiçeğim var diye kendimi zengin sanıyordum, ne var ki sıradan bir güle sahipmişim. Yüksekliği ancak dizlerime kadar gelen bu gül ve üç yanardağımla, ki bunlardan biri belki sonsuza denk sönmüştür,  öyle çok bir büyük prens değilim…” Ve otların üzerine uzanıp ağlamaya başladı.

Ah o çocukken okunulan kitaplar, ah…

Bir ~1600 sayfalık LHC belgelerine bakıyorum, bir de ~2500 sayfalık Ergenekon iddianamesine. Orantısızlıklar şaşırtıyor beni fazlaca?

Why, I–again in the middle of the night–found myself listening to Queen of Damned soundtrack and murmuring this lovely quote to myself:

Marius: A vampire’s life is a life of discretion.
Lestat: Discretion? Why should we hide, Marius? We are the powerful. We are the immortal. We should walk fearless in the open.
[They both stop to watch a girl playing a violin]
Marius: That cannot be. We are vulnerable during the day. Mortals must never know of us.
Lestat: So I could never know her?
Marius: Not unless you wanted to kill her.
Lestat: So I can never be known?
Marius: You must be dead to the world.

Elin canlısı, soyoluş babında, 12 aile birleşmiş de yaklaşık 180 metrelik ağ kurmuş. Biz ise bırak o yakınlıklıktakileri, kendi türümuzle anlaşmaya daha başlamadık.

Düzenleme: Yalan yanlış yazmışım, düzelttim. Pardon, teşekkürler wanderer

Peki peki… Bu teknolojilerin dur durak bilmediğini görüyoruz. Şimdi de önümüzde bir web 3.0 konuşmalarıdır gidiyor. Tim Berners-Lee, taa 1999 yıllarında bu terimi şu cümlesiyle ortaya atmış :

I have a dream for the Web [in which computers] become capable of analyzing all the data on the Web – the content, links, and transactions between people and computers. A ‘Semantic Web’, which should make this possible, has yet to emerge, but when it does, the day-to-day mechanisms of trade, bureaucracy and our daily lives will be handled by machines talking to machines. The ‘intelligent agents’ people have touted for ages will finally materialize.

Bu güzel hayalin peşinde koşturduğumuz şu günlerde, elimden geldiğince semantik web’in temel bilimler ile ilişkisinden ve bu yeni teknolojinin temel bilimler alanında ne gibi katkılar sağlayabileceğinden bahsedeceğim.

Read more »

Öncelikle:

” Physicists often state their belief that all biologists would rather be physicists, but became biologists only because they were not very good at math.”

ve

” When pressed, many physicists will reveal in confidence that they would actually rather have been biologists, but for the unfortunate fact that they were unable to keep anything alive long enough to study it.”

Sonrasında:

Do biologists have physics envy? (the science envy meme) yazısı ve bu yazı üzerinden eriştiğim
PHYSICS ENVY AMONG BIOLOGISTS: FACT OR FICTION başlıklı yazı, bana uzun bir süredir bölümdaşlarımla* tartıştığım bir konu üzerine yazma isteği yarattı.

Read more »

İlk olarak, blog’uma birçok yeni kategori açtım. Artık gezegene sadece gezegenle ilgili şeyler yazmam gerekliydi. Üşengeçlikten hepimiz müzdaripiz ama sonunda gerekli iki/üç ayarı yaptım. Artık “Karalamalar” değil, “Expressed Exons”lar olacak ad. Özenti isimden anlayabileceğiniz gibi Moleküler Biyoloji ve Genetik (mümkünse biyoenformatik) konusunda da bir şeyleri düzenli olarak yazmaya karar verdim.

Read more »