SURP olanağı sunan yerlerin aynı zamanda doktora programları da olduğundan, tahmin edersiniz ki, SURP’ler aslında okulların kendi doktora programlarını pazarlama araçlarından yalnızca biri. Dolayısı ile 10 haftalık yaz programı boyunca lisans öğrencilerine, lisansüstü öğrencilerin olanaklarının çoğunun tanınmasının ve onlara krallar gibi davranılmasının arkasında değişik nedenler var. Tabi bu nedenler, SURP’e (uluslararası yaklaşık 500 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinin , ortalama bir doktora programına (yaklaşık 100 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinden daha yarışmacı olmasında da etkili; zira herhangi bir SURP’e kabulünüz ve program içinden alacağınız bir referans, benzer doktora programlarına kabulünüz için bulunmaz bir bilet haline dönüşüyor.

O şekilde veya bu şekilde, bu programın sunduğu olanaklar–Nobel ödüllü bilim insanlarından konferanslar dinlemek, New York Academy of Science önizlemesi, önyargısız ve tam güvenli bir şekilde araştırmanın bir ucundan tutma şansı verilmesi vs.–Türkiye’de lisans eğitimini tamamlamakta olan bir öğrenci olan ben için eşsiz bir deneyimdi. Ne yazıktır ki, Türkiye’de lisans öğrencileri bırakın araştırma projesi yürütmeyi, daha en temel lab yöntemlerini bile doğru düzgün uygulama fırsatı bulamadan mezun oluyorlar, mezun olmak zorunda kalıyorlar. Bu durumun incelemesi ise yakın zamanda başka bir yazıya.

Neyse, azıcık da iki ay süresince neler yaptığımdan bahsedeyim: Program boyunca, CBio‘da ve Chris Sander‘ın grubunda “Biyolojik yolakların hizalanması ve yolak verilerinin entegrasonu” üzerine çalıştım. Program sonunda ise ortaya şöyle bir (İngilizce) poster çıkabildi:

Çalışma koşullarım normal şartlar altında, sabah saat 9:00′da elimde kocaman bir bardak kahve eşliğinde bilgisayar başına oturup, öğlen yemeğinde kalkmak ve sonrasında geri gelip yorulana kadar (~18:00) bilgisayar başında çalışmak oldu. Böyle bir çalışma ortamı, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoenformatik alanında araştırma yapan lab’ların en çok sevdiğim yanı. Neredeyse tüm gün bilgisayar başında oturup, biyolojik veriler üzerinde çalışabiliyorsunuz ve etrafınızda genelde her konuda (Bilgisayar Bilimi, Genetik, İstatistik, Biyoloji, vs.) danışabileceğiniz veya tartışabileceğiniz insanlar oluyor.

Bu iki aylık süre içerisinde benim danışmanlığımı/tartışmanlığımı ise Emek Demir yaptı. Bu son staj ile beraber, Emek’in yanında toplamda 4 ay geçirmiş oldum, ama bu 4 ay içinde kendisinden normal bir zamanda 4 yılda öğrenebileceğim kadar şey öğrendim. Bu yüzdendir ki kendisinin ne kadar şahane ve kültürlü bir insan olduğunu anlata anlata bitiremeyebilirim. Biyoenformatik çalışma isteğimi körüklemiş, Emek’le tanışmama vesile olmuş ve bu zamana kadar akıl hocalığımı yapmış bir diğer şahane insan ise Murat Çokol. Önümüzdeki doktora başvuruları da umarım iyi geçerse, kendilerinin izlediği yola adım atıp, peşlerini bir süre daha bırakmayacağım gibi görünüyor :)

1. Gün

Şenlik alanına bir 20 dakika kadar gecikmeli vardım ve ilk dikkatimi çeken şey kayıt numaram oldu: 303. Kendi kendime numaranın neden bu kadar büyük olduğunu düşünürken, günün ilk konuşmacılarından Douglas Crockford‘un olduğu salona girdiğimde pek çok şey açığa kavuşmuştu bile: dolu dolu bir salon.

Douglas’ın sunumunun sonundaki kodları, kürsü önüme geldiği için pek görememeye başlayınca işin ucu kaçtı ve soru/cevap aşamasına geçildiğinde, bir kahve için dışarı çıktım. Kendime koyu bir kahve yaparken, yandaki dolaptaki güzellikler gözümden kaçmadı tabii:

Sunum aralarını genelde kalabalık salonda, çoktandır–neredeyse 2 sene–görmediğim dostlarla sohbet ederek geçirdim. Günün devamında önce Stefan Koch‘un, arkasından Enver Altın‘ın sunumunu izledim. “Linux Nasıl Savunulmaz ve Tanıtılmaz” başlığı altında eski maceralar anlatıldı, günümüzden bir-iki sorun ortaya koyuldu; eğlenceli, güzel bir sunumdu.

Saat 15:00′tan 16:30′a kadar biraz sunumuma göz atıp, sonra da okuldan gelen arkadaşlarımı karşıladım. Sunum, 15-20 dinleyici ile geçti. Sanırım dinleyenleri günün sonunda çok sıkmadan uğurlamayı başardım. Arkasından Bilgi Üniversitesi’nden çıkıp; İstiklal’de yemekti, sohbetti, eve dönmeydi derken saat geç oldu, günün yorgunluğuyla bir güzel uyumuşum zaten.

2. Gün

İlk konuşmaya gitmek için erken kalkayım diyordum, ama yine öngörülen 15-20 dakikalık gecikme ile BS1 salonuna vardım. Cuma günküne göre birazcık daha az bir kalabalık vardı. Google’dan Jonathan Conradt‘ın sunumu ile bol bol–ve artık klasikleşmiş–”Google şöyle süper, böyle süper” söylemleri duyduk,  sonra şöyle hızlıca bir Chrome bilgilendirmesi geldi. Conradt, sunumun en son kısmında web arayüzünden gönderilmiş sorulara tek tek cevap verdi, arkasından da salondakilere söz vermeye başladı. “Eee, siz şimdi tekel olmadınız mı, hani kişisel gizlilik, bik bik…” gibi klasik sorulara genelde esprili ve sakin cevaplar verdi, sıkılgan yüz ifadesinden bolca kaçındı.

Conradt’ın arkasından nargile sever insan Sebastian Kügler‘den KDE4′ün yeni cicilerini ve teknolojilerini dinledim. Bir gösterim sırasında, kendi bilgisayarında yüklü olan kararsız KDE4′ü çökertmeyi başardığı sırada, bir Fluxbox’çı olarak kara kara düşünmekteydim. Bu sırada Gökmen ile Gökçen de yanımda sunumlarına göz atıyorlardı:

Arkasından Gürer Özen‘in sunumunda İnci ile tanışma fırsatı buldum. Sunumda adı geçen özgür yazılımlar kafamda yeni yeni projeler kurmama, sonra da nasıl olsa yapacak vakit olmadığından bunlardan vazgeçmeme vesile oldu. Soru kısmında, bir seyircinin ardı arkasına gelen sorularını saymazsak, şenlikte izlediğim teknik yönden en aydınlatıcı sunumdu.

Bir arkadaşımı karşılayacağımdan, saat 15:00 gibi Bilgi’den ayrılmam gerekmesine rağmen, oyun turnuvalarından birkaç poz almadan çıkamadım açıkçası:

Böylece benim, yani nam-ı diğer #303′ün şenlik macerası burada noktalanmış oldu. İki gün boyunca dolu dolu, keyifli vakit geçirdim; ne yazık ki şenlikle ilgili hiçbir konuda yardımda bulunamadım. Darısı gelecek şenliklere artık, bu seferkinde canla başla uğraşmış herkese teşekkürler.

Son olarak (tekrardan) çektiğim tüm fotoğraflara şuradan göz atabilirsiniz. Titrek ellerim, ISO400′ler, apaçık diyafram, uzun pozlama süreleri gösteriyor ki artık yeni bir makineye ihtiyacım var. :|

Biyoenformatik başlığı altında, çok fazla terminolojiye girmeden güncel gelişmelerden ve İnsan genom projesi, protein katlama problemi, FightAIDS@Home, semantik-biyolojik ağlar gibi örneklerde özgür yazılımın ve özgür verinin öneminden bahsetmeyi düşünüyorum.

Biyoloji/Genetik ile ilgili bazı sorunların çözümünde bilgisayar bilimine ne kadar bağlı olduğumuzu görmek isterseniz veya bilgisayar biliminin değişik alanlarından uygulamalarından hoşlanıyorsanız, bu  konuşma size göre olacak. Konuşma ile ilgili birkaç ipucu da vereyim, tam olsun:

EEEUser Wiki ve EEE kulanıcılarının takdir edilesi azmi sağolsun, bu oyuncağı, geliştirme araçları ve tam bir masaüstü ile donatmam çok zamanımı almadı. Bu bütünleşik ve de özel donanıma bir LFS kurma işinden vazgeçip (ya da buna üşenip), bu cici bilgisayarı olduğu gibi bırakmaya ve önceden derlenmiş paketlerin keyfini sürmeye karar verdim. Yalnız, kendimi bu Xandros sistemi üzerinde bir yabancı gibi hissettiğimi itiraf etmem gerek. Sistem de beni pek benimsememiş olsa gerek ki, bir iki ayarı elle değiştirmeye kalkınca kendisi ile biraz sürtüşme yaşadık. Şu sıralar aramız oldukça iyi.

Asus Türkiye üreticilerinin Q klavyeye ekledikleri mini minnacık Türkçe karakter tuşlarına hala alışmaya çalıştığımı bir kenara koyarsak, bu kitap boyutlu ve seyahat engelsiz can yoldaşını yanımda taşımaktan oldukça memnunum.

Neyse, bunun dışında, uzun süredir yapamadığım bir yaz tatilinin acısını, bu sene çok fena çıkartmaktayım. Bu sene yaz okuluna kalmayınca, keyfimce harcayabileceğim uzun bir zaman bonusu kazanmış oldum. Bu zaman sürecinde uyku ve uyanma saatlerimi günlük olarak 4-5 merdiyen kaydıra kaydıra, en son kendimi gece saat 1′de yatar ve sabah 7 civarı da kalkar buldum–tıpkı normal bir insan gibi. Eh, fırsat bu fırsat diyip, içimde Murakami‘nin yazdığı kısa makale, The Running Novelist’in gazıyla, sabahları erken kalkıp koşmaya ve hemen ardından ham kaslarımın “laktik asit… laktik asiiiiitt….” diye haykırmalarını susturabilmek için kendimi soğuk denize atıp iki kulaç atmaya başladım. Tüm bu keyiflerin yanında, mecalsiz bir şekilde denizden çıkarken, düzenli olarak karşılaştığım ve benim üç-dört katım kadar hayat tecrübesi olduğunu düşündüğüm bir beyefendi ile hergün birer cümle uzattığımız sohbetlerimizden hiç bahsetmiyorum bile.

Öğlen dinlenmelerinin ardından akşamları ise Mind Performance Hacks adlı kitabın, ‘Seed Your Mental Random-Number Generator’ başlıklı önerisine uyup, kod yazmak için aşağıdaki gibi değişik yerlere uğramaya başladım. Turkcell’in sunduğu –nispeten pahalı ve kısıtlı olan– GPRS (Edge) pakedinin de yardımıyla, internet erişim sorunumu da az çok çözmüş oluyorum.

Okul açılana kadar bu hayatın olabildiğince keyfini sürüp, vucüt pillerini ağır sınavlara ve sıkıntılara karşı doldurmam gerekli gibi.

Dipnot: Bu girdiyi, xkcd’nin şu tespiti yüzünden, olabildiğince kısa tutmaya çalıştım, ama hala kendimden utanmaktayım :)

Bugün itibari ile davetiyesiz kayıt almaya başlayan Fold.it projesine katılarak, artık siz de boş zamanlarınızda (ya da dolu zamanlarınızda), eğlenceli bir arayüzden protein katlama problemine katkıda bulunabilirsiniz. Kim bilir, belki de bu oyundaki başarınız ile gelecek Nobel ödülüne siz aday gösterilirsiniz?

Yakın bir zamanda, sabah uyandığımda rafımda bir kavanoz ve yunusları da buradan göç etmiş bulursam hiç şaşırmayacağım.

Kişisel not: Ekranın sol üstünde de görebileceğiniz mükemmel insan Dr. David Baker‘ın, bol uğraştırmalı bir dersin haftalık projesi olarak, oyunu test etmemizi istediğini söylesem bana inanmazlık etmessiniz herhalde?

Dipnot: Ne yazık ki hala Linux sürümü yayınlanmadı.

Ya sabır, ya sabır…

İster modern biyoloji, ister moleküler biyoloji, ister genetik, ister genetik mühendisliği deyin çok garip bir olgu – evet, sizin mesleğinizin de oldukça garip olduğunu kabul etmek gerek.

3. sınıf öğrencisi yetmesi (gavura göre junior yetmesi) olmam nedeniyle elime tutuşturulmuş prosedürü hatasız ve birebir uygulamaya çalışırken sık sık kendimi sorgulamalarda buluyorum. Hemen sırtımın üstünde görebileceğiniz şahıs, Çinli MD’ci hocam olurlar. Kendisi uzunca zamandır ALS hastalığına neden olabilecek genler üzerinde çalışmakta ve hemen önünde altı haftalığına gelmiş, dolayısı ile gelip geçici ama bildiklerini aktarması gerektiren bir öğrenci bulunmakta: ben. Öğrencinin elleri titriyor, bir agaroz jel bile koyarken heyecanlanıyor. Hocamla yer değiştirmek bile istemiyorum, kendilerine de acayip saygı duyuyorum. Bu tüm üstlerim için geçerli: nasıl bir sabır, nasıl bir olgunluk aşamasında olduklarını anlamakta zorluk çekiyorum.

Bir iki saat sonra kendimi heyecanla, UV ışığı altında çubuklar görüp görmeyeceğimi merakla bekleyen bir öğrenci olarak görüyorum. Tabir-i caizse pavyon edasındaki odada mavi ve morumsu renkler arasında beyaz parıldamalar o anki hayat amacımı temsil ediyorlar, zamana anlam katıyorlar, deneyi sonuçlandırıyorlar.

Pipetle gün boyu yüzlerce tüpe çeşitli sıvıları aktarmış bilek ve el isyankar tavırlarla sızlarken, onu dinlemeyip elime jilet alıp hırsımı jeli parçalarken alıyorum. Ne kalın, ne ince.. Göz kararı… Sonrası mı? İnanılmaz paralar dönen ilaç sektöründe hazırlanmış kitlerin el kitapçıklarının açıklamaları eşliğinde uygulanan prosedürler, bolca bekleme (PCR, sekanslama…).

Bir bakıyorum kendimi son beş dakikasının bitmesi için sabırsızlıkla beklediğim PCR’ın sıcaklık grafiklerini sandalyelere benzetirken buluyorum. Sırtım gün boyu bar sandalyelerine benzeyen oturgaçlarda maruz kalınan şekilsizlik nedeniyle rahatsızlık veren bir ağrıdan müzdarip. Hafif dik durayım diyorum, o zaman tüpün içi görünmüyor. Sık dişini diyorum, 10 tüp daha kaldı. Dur bir dakika yoksa 9 muydu? En iyisi sıvı seviyelerini karşılaştırmak.

- Efendim? Yok, hocam her şey yolunda.

…

-Evet, evet. 10 dakikaya bitiyor.

…

- Tamam hocam…

Çabuk ol Arman, yoksa gece de uğraman gerekecek. Bugün bitmezse, yarınki toplantıda ne halt edecen? Hay Allah, master mix yine mi yetmedi? Nasıl olur, o kadar da fazla ayarlamıştım. Neyse üzerini ddH2O yapayım, kötü mötü bir şeyler çıkar herhalde – zor çıkar.

…

Dışarısı ne güzelmiş. Yağmur yağmış, hava kararmış. Bir yürüyüş ne güzel olurdu. Yorgunum ama ya, en iyisi yarın lab’tan erken çıkıp yapmak.

Anlayana…

I have a dream for the Web [in which computers] become capable of analyzing all the data on the Web – the content, links, and transactions between people and computers. A ‘Semantic Web’, which should make this possible, has yet to emerge, but when it does, the day-to-day mechanisms of trade, bureaucracy and our daily lives will be handled by machines talking to machines. The ‘intelligent agents’ people have touted for ages will finally materialize.

Bu güzel hayalin peşinde koşturduğumuz şu günlerde, elimden geldiğince semantik web’in temel bilimler ile ilişkisinden ve bu yeni teknolojinin temel bilimler alanında ne gibi katkılar sağlayabileceğinden bahsedeceğim.

Aslında her şey, BIO 482 kodlu biyoenformatik içerikli dersteki bir sunum ödevi için anlatabileceğim bir makale ararken başladı. İlgi çekici bir makale aramaya ilk olarak -haftalık olarak e-posta kutuma gelen ama zamansızlıktan çok az kontrol edebildiğim – makale alarmlarından başladım. Şansım yağver gitti ve daha ilk e-postaların birinde Briefings in Bioinformatics ile ve hatta bu yayının semantik web temalı şu sayısı ile karşılaştım. Zaten orada burada karşıma çıkan semantik web terimi hakkında bilgi edinmek istiyordum, buna bir de ödevle karışık bilim alanındaki yararları öğrenme hevesi eklenince kendimi merakla makaleleri okurken buldum.

Öncelikle semantik web nedir? Semantik web, internet üzerindeki tüm bilgilerin ve bunların birbirleriyle olan ilişkilerinin yalnızca insanlar değil, bunun yanında otomasyon sistemleri tarafından da kolayca anlaşılabildiği; yararlı bilgiye erişimin oldukça kolay olduğu; amaca yönelik bağlamlarda bu veri ilişkilerinin rahatlıkla kullanılabildiği (tabir-i caizse ütopik) bir ağın takma adıdır. Uzun ve soğuk bir tanım oldu değil mi? O zaman hemen örneklendirelim: Eğer ben yeni bir dizüstü almak istiyorsam, benim bulunduğum yere kargo gönderilebilecek, mağaza stoklarında bulunan, bütçeme uygun, üzerinde Linux yüklü, ortalama bir bilgisayar almak istiyorum demektir. Bu koşulların hepsinin ne anlama geldiği ve bunları kullanarak bilgi arama olanakları günümüzde zaten internette bulunuyor; ama sorun bunların bir bilgisayar tarafından kolayca anlaşılamaması. Sırf bu yüzden, yeni bir dizüstü için internette saatlerce belki günlerce gezmem; çeşitli kaynaklardan çeşitli sorgular yapmam gerekecek. Tamamen bir zaman kaybı. Oysa semantik web benim için tüm bunları kolaylaştıracak ve ben kendisine “yeni bir dizüstü almak istiyorum” dediğimde benim yapacağım şey arkama yaslanıp, ekranımda çıkan uygun sonuçları izlemek olacak.

Çok güzel değil mi? Peki bu nasıl sağlanabilir? Bir insanın kolaylıkla anlayabildiği içerikler bir makina için nasıl anlamlandırılabilir? Çoğu konuda kararları bulunan W3C’un bu konuda da bazı fikirleri ve uygulamaları bulunuyor. Örneğin kendilerinin sponsorluk ettiği Semantic Web Education & Outreach Interest Group (SWEO). Bu ve bunun gibi öntanımlı biçimlerin, bunların avantajlarının ve dezavantajlarının detaylarına girmeyeceğim ve bazı şeyleri yüzeyden geçmeye dikkat edeceğim.

Gelin semantik web bağlamında şu cümleyi inceleyelim:

“Ben bugün Linux gördüm”

Bu cümlede ben, bugün, Linux ve görmek kelimelerini özne, zaman, nesne ve eylem olarak bir bakışta ayırt edebiliriz. Eğer bunların ne olduğunu, bir şekilde bilgisayara da anlatma fırsatım olursa, mesela:

<cumle>

  <ozne>Ben</ozne>

  <zaman>bugün</zaman>

<nesne>Linux</nesne>

<eylem>görmek</eylem>

</cumle>

bu bilgi, otomatik sistemler için de bir anda anlamlı hale gelecektir. Eylemlerin ve çeşitli kelimelerin ilişkilerinin incelendiği bir kelime ontolojisi veritabanı ile bu cümle bize sandığımızdan çok şey ifade etmeye başlar. Bugün sunumda da gösterdiğim ve bazı şeylerin kafamda oluşmasında yardımcı olan etkileşimli bir semantik metin işleme örneğine buradan erişebilirsiniz.

Bu kadar önbilgi şimdilik yeterli olacaktır sanırım.

Bilgiye kolay erişim söz konusu olduğunda, bunun temel bilimler ile direkt olarak ilişkili olduğunu hemen söyleyebiliriz. Temel bilimlerin günümüzde durumu ve sorunları da apaçık bir şekilde önümüzde durmaktadır. Akademik hayatında makale okuma zorunluluğuna erişmiş insanlar ne demek istediğimi anlayabilirler. Dünyanın her yerinde neredeyse sayılması imkansız miktarda deney, gözlem ve veri toplama eylemleri yürütülüyor. Bunlardan iyi ve gerçekçi bir sonuç elde edenler de prestijli bir yayın organında makale yayınlamak için çaba veriyor. Başarılı olduklarında ise, bize Google Scholar‘dan erişilebilen bilgi dolu bir makale hediye etmiş oluyorlar. Farkedebileceğiniz gibi en temel sorunlardan bir tanesiyle daha en baştan karşılaşıyoruz. Makaleler insanların okuması içindir. Bu konuda kimsenin emeğini gözardı etmek istemem. PubMed gibi bazı kuruluşlar makalelerin konulara göre ayrılması, atıfların bağlantılanması, etiketleme gibi işlemleri bir takım çalışan insan yardımı ile yürütmekteler. Amma velakin bu uğraşlar Web 2.0 çılgınlığıylabüyüyen etiketleme olgusunu pek de aşamıyor; çünkü hala makaleler, içlerinde bahsi geçen moleküller, bulgular, bunların yakın ve uzak ilişkilerinin aktarıldığı bir kaynağımız yok.

Sanırım birkaç durum incelemesinin zamanı geldi.

Diyelim ki siz A proteini üzerine çalışmalar yürütüyorsunuz ve B proteinin sizin proteininizle etkileşimde bulunduğundan şüpheleniyorsunuz. Önceki deneylerde bununla ilgili bir bilgi olup olmadığını anlamak için A ve B‘yi beraber kullanarak makaleler arasında arama yapmanız lazım. Şanslıysanız bu konuda bir şeyler bulabilirsiniz. Burada gözden kaçıracağınız şey, daha karmaşık ilişkiler olacaktır. Ya makale yığınının içinde bir tanesi A proteinin C ile etkileşimde bulunduğunu, bir diğeri ise C‘nin B ile etkileşimde bulunduğunu yazıyorsa? Bu durumda A -dolaylı da olsa- B ile etkileşime girme şansına sahip. Bu bilgi aslında orada duruyor, ama edinmesi neredeyse imkansız; çünkü aradaki proteinin C değil de D olma, hatta E, hatta F… olma olasılığı da bulunuyor. Bunları tek tek inceleyemeceğinize göre (ya da buna zamanınızın yetmeyeceğini düşünürsek) aslında varolan bir bilgiden, tamamen eksik ilişkilendirmeler yüzünden mahrum kalıyorsunuz. Oysa semantik bir webde A‘nın C ile olan ve C‘nin B ile olan ilişkisi A‘nın B ile olan ilişkisine erişimi kolay kılar ve sizi daha mutlu kılar. Şuan tüm yazılmış makaleler, sırf bu ilişkilerin kurulabilmesi için text-mining (metin madenciliği) teknikleri ile incelenmekte ama takdir edersiniz ki bu konuda oldukça büyük engeller bulunmakta.

Bir başka örnek ise gen içerikleriyle veya dizilimleriyle (sekans) ile ilgili. Bir hastalık üzerine çalışan insanların çoğu veritabanları üzerinde kendi deneylerinde elde ettikleri dizilimleri, bir benzerlik bulma ümidi ile arattırırlar. Gelin görün ki, bu arama sonuçlarının çıktıları hiç de insancıl değildir. Metin bazlı ve arama motorundan motoruna değişen bir biçimlendirme ile sunulan bu sonuçlar yüzünden araştırma yapanlar, gerçeği temsil eden büyük resmi görmekte zorlanırlar. Oysa ideal senaryoda, arattığınız bir dizilimin temsil ettiği olası geni, başka canlılardaki karşılığını, sebep olduğu hastalıkları, bununla ilgili diğer bulguları vs. bir arada görmek, belki de bunları bir bilgisayara incelettirmek istersiniz. Ne yazık ki şuan için işler bu kadar güzel yürümüyor. Yine elimizden olan bilgilerin kullanılabilirliğinin düşüklüğü yüzünden, aslında kolaylıkla yapılabilecek şeylerden mahrum kalıyoruz. Semantik web’in bir uygulaması olan BioDASH projesi ve semantik tarayıcılar tam olarak bu işlevi yerine getiriyorlar, yani sizi ilgilendiren konudaki bilgiyi hem sizin, hem bilgisayarınızın anlayabileceği biçimde karşınıza getiriyorlar.

Son örneğimi ise grafiklerle ilgili vereceğim. İnternet üzerinde deney sonuçlarının veya veri topluluklarının sunulması konusunda da büyük sıkıntılarımız var. İlk olarak bunların sunumu tamamen kendilerini yayınlayan kişilerin seçimlerine bırakılmış durumda: html tabloları, hesap tabloları, düz metin … Takdir edersiniz ki bu biçimlerin çoğu birbiriyle uyumsuz ve anlamlandırılmaları çok güç. O yüzden veri setlerine ilişkin grafikler veri setini oluşturan kişinin tekelinde yürümekte. Oysa yeniden üretilebilirliğin ve farklı biçimlerde sunulabilirliğin önünün açılması gerekiyor. Semantik web, bu verilerin sunulmasında da getirdiği çözümler ile biz araştırmacı/izleyici kullanıcıya istemci tarafında çeşitlendirilebilir ve kişiselleştirilebilir grafiklerin olabilitesini arttırıyor. Böylece bizler bir grafiği kendi ilgimize göre veya kendi belirlediğimiz veri setlerine göre istediğimiz gibi çizdirip, kullanabilir hale geliyoruz. Bunun en güzel uygulaması yine bir önceki örnekte bahsettiğim BioDASH projesi.

Bu sorunlar yalnızca bir dalda değil, aslında bütün bilim dallarında bulunan sorunlar. Umarız ki semantik web, bu sorunların çözümlerine öngörüldüğü gibi katkıda bulunur ve bireylerin işlerini kolaylaştırır.

Semantik web ve yapısının kendisi ile çeliştiği konusunda birkaç yazı başlığı görmüşlüğüm var, fakat hala bu teknolojiye yeni olduğum için antitezlerinden önce tezlerini incelemek ile meşgulüm. Umarım, zaman buldukça bu konuda daha fazla araştırma yapıp, bir yazı dizisi oluşturabilirim.

Semantik Web

Semantic Web

” Physicists often state their belief that all biologists would rather be physicists, but became biologists only because they were not very good at math.”

ve

” When pressed, many physicists will reveal in confidence that they would actually rather have been biologists, but for the unfortunate fact that they were unable to keep anything alive long enough to study it.”

Sonrasında:

Do biologists have physics envy? (the science envy meme) yazısı ve bu yazı üzerinden eriştiğim
PHYSICS ENVY AMONG BIOLOGISTS: FACT OR FICTION başlıklı yazı, bana uzun bir süredir bölümdaşlarımla* tartıştığım bir konu üzerine yazma isteği yarattı.

Ülkemizde uygulanan eğitim politiklarını yetersiz bulanlardan biriyim. Bu konu beni ne yazık ki aşıyor, ama insanların yanlış eğitilmesinin veya yönlendirilmesinin başlıca nedenlerinden bir tanesinin çevre koşulları olduğunu da düşünmüyor değilim. Çevremizdeki önemli faktörlerden ebeveyinlerimiz ve yakınlarımız bizim için hayatımızın devamında ne olacağımızı seçme görevini üstlenirlerken, bazı yanlış kararlar da alabiliyorlar. Sırf kadafan çarpmayı hızlı yapabilen bir çocuğa “sayısalcı olmalı” etiketi yapıştırılırken, ezberi iyi olan bir diğerine acımasızca “kesin eşit ağırlıkçı olmalı”, ikisi arasında kalana veya ikisini de yapamayana “konservatuar okumalı” etiketi layık görülüyor.

Çocuğun ilk başlardaki bu yönelimini kullanmak, bunun farkında olmak tabii ki de iyi bir şey. Ama çocuğa empoze edilen kanalize düşünceler, sonrasında çocukta/erişkinlikte yanlış önyargılara neden olabiliyor. Ne tür önyargılar ki bunlar mı dediniz? Örnek verelim:
Bölüm derslerine şöyle bir bakıyorum: BIO XX1, BIO XX2, CHEM XX0, CHEM XX0 gibi ardı ardına eklenmiş seriler görüyorum. Normal bunlar, sonuçta okuduğumuzun bölümün dersleri. Peki ya diğerleri? Zorunlu olan Fizik ve Matematik dersleri ilgili konularına yalnızca giriş niteliğinde olabilecek içeriklere sahipler. Zaten 2. sınıftan sonra ne matematik, ne de fizik dersleri kalıyor. İşte bu noktada insanların fikirlerinde ayrılık görüyorum. Kimisi 3. sınıf için “Tüh, sadece BIO mu alacağız bu dönem” derken diğerleri, “Oh be, sonunda sadece BIO alacağız” demekte. Bunu koyduk bir kenara…

Bugün sevgili bölümdaşlarımdan bir tanesi gelip bana “Abi, ne alıyorsun seçmeli olarak” diye sordu. “Advanced English alıyorum” dedim,”Drama – Tiyatroya Giriş”. “Niye, ne yararı olacak ki akademik kariyerine?” dedi. Böyle bir cümleyi nasıl kurdu bilemiyorum ama benim için kurulmaması gereken bir cümleydi. Çok açıktır ki öğrenciler seçmeli derslerini tamamen CV’lerine ekleyebilmek için alıyorlar. Oturup da neden tiyatro ile ilgili bir dersin alınacağını açıklamak gelmedi içimden, zaten de açıklamadım. Bu da kenara koyduklarımızın ikincisi mi oldu?

Şimdi ise sevgili öğretmenlerimiz, sıra size geldi. Evet, sizlerin ezberci olanlarınızdan nefret ediyorum. Ezberci zihniyette yalnızca bir dönem aklımızda kalacak bilgilerle, kafamızı doldurmanızı sevmiyorum. Neden sizler de diğer meslektaşlarınız gibi öğrencinizlerinize bir şeyler “öğretmeye” çalışmıyorsunuz anlayamıyorum. Sırf bu müfredat ve eğitim türü yüzünden 2009 yılında mezun olacak birçok biliminsanı adayının kuantum fiziği ve olasılıksal yaklaşım gibi çeşitli “modern” görüşlerden yoksun olacağını nasıl göremezsiniz? Neyse, bu mevzuatı da şimdilik kısa kesip kenardaki arkadaşlarının yanına koyalım en iyisi…

” Biyolojici sadece biyolojiye mi ilgi duymalı” sorusuna tekrar gelirsek, derim ki: “Hayır efendim, o değerli insan Feynman‘ın bir dersini dinlemedikçe, arada açıp Tübitak yayınlarını karıştırmadıkça, kendi ‘uzmanlığı’ dışındakileri alanları takip etmedikçe zaten o insanın ilgili kategoriye dahil olduğunu bile söyleyemeyeceğim”

Ne yazık ki…