Eğer Fold@Home, Rosetta@Home, vb. uygulamaları kullanarak protein katlama hesaplamalarına yardımcı oluyorsanız, bilgisayarınızın oldukça sıkıcı bir şekilde, ekrandaki proteini bir o şekilde bir bu şekilde katladığını da bolca görüyorsunuzdur. Peki, bu iç bunaltıcı denemelere elle müdahele etmek ister miydiniz?

Bugün itibari ile davetiyesiz kayıt almaya başlayan Fold.it projesine katılarak, artık siz de boş zamanlarınızda (ya da dolu zamanlarınızda), eğlenceli bir arayüzden protein katlama problemine katkıda bulunabilirsiniz. Kim bilir, belki de bu oyundaki başarınız ile gelecek Nobel ödülüne siz aday gösterilirsiniz?

Yakın bir zamanda, sabah uyandığımda rafımda bir kavanoz ve yunusları da buradan göç etmiş bulursam hiç şaşırmayacağım.

Kişisel not: Ekranın sol üstünde de görebileceğiniz mükemmel insan Dr. David Baker‘ın, bol uğraştırmalı bir dersin haftalık projesi olarak, oyunu test etmemizi istediğini söylesem bana inanmazlık etmessiniz herhalde?

Dipnot: Ne yazık ki hala Linux sürümü yayınlanmadı.

Çevrimiçi bir meydan okuma kendisi ama beni pek sevmediler anlaşılan.

Ya sabır, ya sabır…

Bir buçuk aylığına başladığım zorunlu olmayan -yersen- yaz stajımın ortalarına doğru gelmekteyim. Yeni bir ortam, yeni bir ülke derken zaman geçip gidiyor. Bununla beraber sabah 9 akşam 9 bana verilmiş projenin tamamlanmasıyla uğraşıyorum. Akşam eve gelip, biraların tadına bakmamla kendimi yatakta ve ertesinde gözümü açtığımda ise kendimi yeni bir günde buluyorum.

İster modern biyoloji, ister moleküler biyoloji, ister genetik, ister genetik mühendisliği deyin çok garip bir olgu - evet, sizin mesleğinizin de oldukça garip olduğunu kabul etmek gerek.

[more...]

Peki peki… Bu teknolojilerin dur durak bilmediğini görüyoruz. Şimdi de önümüzde bir web 3.0 konuşmalarıdır gidiyor. Tim Berners-Lee, taa 1999 yıllarında bu terimi şu cümlesiyle ortaya atmış :

I have a dream for the Web [in which computers] become capable of analyzing all the data on the Web – the content, links, and transactions between people and computers. A ‘Semantic Web’, which should make this possible, has yet to emerge, but when it does, the day-to-day mechanisms of trade, bureaucracy and our daily lives will be handled by machines talking to machines. The ‘intelligent agents’ people have touted for ages will finally materialize.

Bu güzel hayalin peşinde koşturduğumuz şu günlerde, elimden geldiğince semantik web’in temel bilimler ile ilişkisinden ve bu yeni teknolojinin temel bilimler alanında ne gibi katkılar sağlayabileceğinden bahsedeceğim.

[more...]

Öncelikle:

” Physicists often state their belief that all biologists would rather be physicists, but became biologists only because they were not very good at math.”

ve

” When pressed, many physicists will reveal in confidence that they would actually rather have been biologists, but for the unfortunate fact that they were unable to keep anything alive long enough to study it.”

Sonrasında:

Do biologists have physics envy? (the science envy meme) yazısı ve bu yazı üzerinden eriştiğim
PHYSICS ENVY AMONG BIOLOGISTS: FACT OR FICTION başlıklı yazı, bana uzun bir süredir bölümdaşlarımla* tartıştığım bir konu üzerine yazma isteği yarattı.
[more...]

İlk olarak, blog’uma birçok yeni kategori açtım. Artık gezegene sadece gezegenle ilgili şeyler yazmam gerekliydi. Üşengeçlikten hepimiz müzdaripiz ama sonunda gerekli iki/üç ayarı yaptım. Artık “Karalamalar” değil, “Expressed Exons”lar olacak ad. Özenti isimden anlayabileceğiniz gibi Moleküler Biyoloji ve Genetik (mümkünse biyoenformatik) konusunda da bir şeyleri düzenli olarak yazmaya karar verdim.

[more...]