Artık uzatmalarını oynadığım lisans eğitimimin, muhtemelen son yazını değerlendirmek için geçen iki ay boyunca Gerstner Sloan-Kettering (GSK) Biyomedikal’in yaz stajı programındaydım. Tam adı Summer Undergraduate Research Program olan, ama genelde kısaca SURP diye bilinen bu program, aslında yalnızca GSK’ya özel bir şey değil. New York dahilindeki pek çok üniversite (NYU, Rockefeller, Columbia, CSHL vs.) ve bazı diğer üniversiteler eş zamanlı olarak SURP yürütüyor.

SURP olanağı sunan yerlerin aynı zamanda doktora programları da olduğundan, tahmin edersiniz ki, SURP’ler aslında okulların kendi doktora programlarını pazarlama araçlarından yalnızca biri. Dolayısı ile 10 haftalık yaz programı boyunca lisans öğrencilerine, lisansüstü öğrencilerin olanaklarının çoğunun tanınmasının ve onlara krallar gibi davranılmasının arkasında değişik nedenler var. Tabi bu nedenler, SURP’e (uluslararası yaklaşık 500 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinin , ortalama bir doktora programına (yaklaşık 100 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinden daha yarışmacı olmasında da etkili; zira herhangi bir SURP’e kabulünüz ve program içinden alacağınız bir referans, benzer doktora programlarına kabulünüz için bulunmaz bir bilet haline dönüşüyor.

O şekilde veya bu şekilde, bu programın sunduğu olanaklar–Nobel ödüllü bilim insanlarından konferanslar dinlemek, New York Academy of Science önizlemesi, önyargısız ve tam güvenli bir şekilde araştırmanın bir ucundan tutma şansı verilmesi vs.–Türkiye’de lisans eğitimini tamamlamakta olan bir öğrenci olan ben için eşsiz bir deneyimdi. Ne yazıktır ki, Türkiye’de lisans öğrencileri bırakın araştırma projesi yürütmeyi, daha en temel lab yöntemlerini bile doğru düzgün uygulama fırsatı bulamadan mezun oluyorlar, mezun olmak zorunda kalıyorlar. Bu durumun incelemesi ise yakın zamanda başka bir yazıya.

Neyse, azıcık da iki ay süresince neler yaptığımdan bahsedeyim: Program boyunca, CBio‘da ve Chris Sander‘ın grubunda “Biyolojik yolakların hizalanması ve yolak verilerinin entegrasonu” üzerine çalıştım. Program sonunda ise ortaya şöyle bir (İngilizce) poster çıkabildi:

Çalışma koşullarım normal şartlar altında, sabah saat 9:00′da elimde kocaman bir bardak kahve eşliğinde bilgisayar başına oturup, öğlen yemeğinde kalkmak ve sonrasında geri gelip yorulana kadar (~18:00) bilgisayar başında çalışmak oldu. Böyle bir çalışma ortamı, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoenformatik alanında araştırma yapan lab’ların en çok sevdiğim yanı. Neredeyse tüm gün bilgisayar başında oturup, biyolojik veriler üzerinde çalışabiliyorsunuz ve etrafınızda genelde her konuda (Bilgisayar Bilimi, Genetik, İstatistik, Biyoloji, vs.) danışabileceğiniz veya tartışabileceğiniz insanlar oluyor.

Bu iki aylık süre içerisinde benim danışmanlığımı/tartışmanlığımı ise Emek Demir yaptı. Bu son staj ile beraber, Emek’in yanında toplamda 4 ay geçirmiş oldum, ama bu 4 ay içinde kendisinden normal bir zamanda 4 yılda öğrenebileceğim kadar şey öğrendim. Bu yüzdendir ki kendisinin ne kadar şahane ve kültürlü bir insan olduğunu anlata anlata bitiremeyebilirim. Biyoenformatik çalışma isteğimi körüklemiş, Emek’le tanışmama vesile olmuş ve bu zamana kadar akıl hocalığımı yapmış bir diğer şahane insan ise Murat Çokol. Önümüzdeki doktora başvuruları da umarım iyi geçerse, kendilerinin izlediği yola adım atıp, peşlerini bir süre daha bırakmayacağım gibi görünüyor :)

Bu seneki şenlik dahilinde, cuma günü 16:30-17:30 arasında “Biyoenformatik Alanında Özgür Yazılımların ve Özgür Verinin Önemi” başlıklı bir seminer vereceğim.

Biyoenformatik başlığı altında, çok fazla terminolojiye girmeden güncel gelişmelerden ve İnsan genom projesi, protein katlama problemi, FightAIDS@Home, semantik-biyolojik ağlar gibi örneklerde özgür yazılımın ve özgür verinin öneminden bahsetmeyi düşünüyorum.

Biyoloji/Genetik ile ilgili bazı sorunların çözümünde bilgisayar bilimine ne kadar bağlı olduğumuzu görmek isterseniz veya bilgisayar biliminin değişik alanlarından uygulamalarından hoşlanıyorsanız, bu  konuşma size göre olacak. Konuşma ile ilgili birkaç ipucu da vereyim, tam olsun:

Figure 1: 14.7 gels per month since 09/2007*. Gel images clearly show that this student has been significantly obsessed with his work.

---

* based on months this student was actually working at the lab.

Bir ~1600 sayfalık LHC belgelerine bakıyorum, bir de ~2500 sayfalık Ergenekon iddianamesine. Orantısızlıklar şaşırtıyor beni fazlaca?

www.evrimianlamak.org

Geçen 150 yılda yaşanan bilimsel gelişmeler gösteriyor ki, evrim kuramı olmaksızın, yaşamın tarihini ve bugününü anlamak olanaksız. Bugün, dünyanın dört bir tarafında, bilim insanları, evrim kuramını daha da geliştiren çalışmalar yapıyor. Fosil araştırmaları, genetik incelemeler, laboratuvar deneyleri… Tüm bunlar, canlılığın milyonlarca yıllık serüveninin eksiksiz anlaşılması için yeni bulgular, bu bulgular ışığında ortaya atılmış yeni hipotezler ve yeni hipotezlerin doğrulanması yoluyla, daha da gelişkin bir evrim kuramı anlamına geliyor. Bugün, bilim insanları evrim kuramının doğruluğu ya da yanlışlığı üzerine tartışmıyor. Bilim insanları artık, evrimin, canlı hayatını nereye taşıyacağı sorusuna cevap bulmaya çalışıyor. Tıptan tarıma, insanlığın dertlerine çare olan pek çok yeniliğin arkasında, canlıların zaman içinde nasıl değiştiği günümüzdeki hallerine geldikleri ve bu değişimin nasıl hala sürdüğünün bilgisi, yani evrim kuramı bulunmaktadır. Tüm bunlar gösteriyor ki, evrimin, hayatımızdaki yeri gün geçtikçe daha da genişliyor.

Ancak özellikle son yirmi yıldır Türkiye’de evrim kuramı, siyasi iktidarların eğitim alanındaki politikalarının bir sonucu olarak ilk ve orta öğrenimde biyoloji derslerinin en zayıf işlenen konusu haline gelmiştir. Bu durum, hem yaşam bilimleri alanındaki araştırmaların, hem de genel olarak halkın bilimsel gelişmelere aşinalığının artması açısından ciddi bir engeldir. Bu açığın giderilmesi ve Türkiye’de evrim eğitimi konusunda temel bir bilgi kaynağının oluşması amacıyla 2006 yılı sonlarına doğru Evrim Çalışkanları grubu oluşturuldu. İlk adım olarak, Kaliforniya Üniversitesi Antropoloji Bölümü tarafından hazırlanan “Evrimi Anlamak” isimli web sitesinin Türkçe’ye kazandırılması için bir çalışma başlatıldı. Çalışmaya, çok kısa bir süre içinde Türkiye’den ve dünyanın çeşitli ülkelerinden çok sayıda araştırmacı dahil oldu. Uzun süren bir çalışmanın ardından, asıl adı “Understanding Evolution” olan web sitesi, “Evrimi Anlamak” adıyla Türkçe yayınlanabilir hale geldi.
21 Temmuz tarihinden itibaren Evrimi Anlamak web sitesinin ilk bölümü olan “Evrime Giriş” bölümü erişime açılıyor. Çok yakın bir zamanda da sitenin geri kalan tüm bölümleri erişilebilir hale gelecek.

Bu çalışmanın Türkiye’nin bilimsel gelişimine ve aydınlanma yolundaki ilerleyişine mütevazi bir katkı yapmasını ümit ediyoruz. Geleceğimizin, dogmalardan arınmış, daha aydınlık düşünen beyinlerle inşa edileceğini, bu konuda yalnız olmadığımızı biliyoruz.

Web sitesinin daha çok insanla buluşması sitenin daha yaygın duyurusu ile mümkün olacaktır. Bilimsel düşünceden yana olan her bireyi, Evrimi Anlamak sitesinin tanıtımına katkı yapmaya çağırıyoruz.

Evrim Çalışkanları
21 Temmuz 2008

Eğer Fold@Home, Rosetta@Home, vb. uygulamaları kullanarak protein katlama hesaplamalarına yardımcı oluyorsanız, bilgisayarınızın oldukça sıkıcı bir şekilde, ekrandaki proteini bir o şekilde bir bu şekilde katladığını da bolca görüyorsunuzdur. Peki, bu iç bunaltıcı denemelere elle müdahele etmek ister miydiniz?

Bugün itibari ile davetiyesiz kayıt almaya başlayan Fold.it projesine katılarak, artık siz de boş zamanlarınızda (ya da dolu zamanlarınızda), eğlenceli bir arayüzden protein katlama problemine katkıda bulunabilirsiniz. Kim bilir, belki de bu oyundaki başarınız ile gelecek Nobel ödülüne siz aday gösterilirsiniz?

Yakın bir zamanda, sabah uyandığımda rafımda bir kavanoz ve yunusları da buradan göç etmiş bulursam hiç şaşırmayacağım.

Kişisel not: Ekranın sol üstünde de görebileceğiniz mükemmel insan Dr. David Baker‘ın, bol uğraştırmalı bir dersin haftalık projesi olarak, oyunu test etmemizi istediğini söylesem bana inanmazlık etmessiniz herhalde?

Dipnot: Ne yazık ki hala Linux sürümü yayınlanmadı.

Bir süredir -bütün bilgisayarların orta alana baktığı bir lab’ın içinde zamanımı geçirdiğimden- insanların önünde tüm gün açık duran ekranlarındaki şu üç görüntüye, uzaktan da olsa, aşina hale geldim:

Genel-geçer izlenimler olsa gerek.

İki hafta mıydı, üç hafta önce miydi tam bilemeyeceğim; devletimizin Nuh’un Gemisi adı altında, herkesin kullanımına açık bir biyoçeşitlilik veriatabanını internet üzerinde yayına soktuğunu öğrenmiştim. Öğrenmekle kalmayıp, veritabanınını incelemek için hemen web sayfasını ziyaret ettim; hatta kayıt için kullanıcı kayıt formunu bile güzel güzel doldurdum. O zaman öğrendim ki, kullanıcı kayıtları yönetimin elinden geçiyormuş: yaklaşık olarak bir haftalık bir onay süreci olacağını öğrendikten sonra, azıcık daha sabretmeye ve bir hafta beklemeye karar verdim.

Bugün kaydımın üzerinden yaklaşık 2-3 hafta geçmiş oluyordu ki, unuttuğum bu veritabanı yeniden aklıma düşüverdi. Belki kabul etmişlerdir de, e-posta kaybolmuştur diye umup giriş yapmayı denedim, olmadı. Sonra gidip bir daha kayıt yaptırayım dedim, kullanıcı adımın kullanıldığını söyledi. Demek ki, önceki kaydım bir yerlerde saklı duruyor ve de sevgili yetkililerin onayını bekliyor. Öyle kalakaldım.

E be canım yetkililer ben size ne diyeyim? Madem güzel bir işin altına giriyorsunuz, bari o işi güzel yapın ki anlamı olsun. Mis gibi veritabanı (umarım öyledir) orada kuzu kuzu duruyor, sizin o güzel keyfinizin gelip kullanıcıları onaylamasını bekliyor. Yazık değil mi?

Şikayetçiyim hakim bey, yapın bir güzellik…

Dünkü haberleri okuyan/dinleyen/izleyen pek çok kişinin dudakları uçukladı! Ademoğlunun/Havvakızının sıfırdan canlı yaratma çalışmalarının başarıya ulaştığı, arka fonda Requirem For a Dream film müziğiyle beraber bas bas renkli kutulardan gözlerimize sokuldu. Bu inanılmaz haberi duyan habercilerimiz kendilerini sokaklara atıp, vatandaşın nabzını bile yokladı:

[M] uhabir – Bilim adamları yapay canlı üretmiş, sizce nasıl bir şey olur?

[V]atandaş[1] – Bilmem ki, ot gibi bir şey olur herhalde…

[V2] - Allah-u Teala’nın yarattığı bizler gibi mükemmel olmayacağı kesin….

[V3] - Bilmem de, Amerika’nın eline geçmez inşallah…

Televizyonlarımız bu gelişmenin bilimde bir dönüm noktası olduğunu, artık hastalıklı insanların yapay kromozomlarla iyileştirilebileceğini, bunların yanında bu teknolojinin kötü amaçlar dahilinde biyolojik silahlar için kullanılabileceğini bile belirttiler.

Bir kısım insan hayretler içerisinde bu haberleri izlerken, diğer kısımdakiler ise kıs kıs gülmekte idi. Eminim siz de ikinci kısımdasınızdır ve bu çok ama çok çarpıtılmış haberlerin gerçek olmadığını bildiğiniz gibi bu girdiyi de azıcık daha keyiflenmek için okuyorsunuz, değil mi?

Bu tartışma yaratan buluş ünlü mü ünlü Craig Venter‘ın icatlarından. Kendisi ile ilgili detaylı bilgi için daha geçen ay içinde girilmiş “Craig Venter Sequenced” başlıklı, Sayın Venter’ın genomunun analizini içeren girdiye şöyle bir göz atabilirsiniz. Evet kendisi bildiğimiz insan. Peki bu ünlü şahsiyetin “yapay yaşam” adı altında piyasaya sürülen icraati tam olarak nedir?

Venter ve ekibi Mycoplasma genitalium bakterisinin gereksiz olduklarını düşündükleri yaklaşık 1/5 kadarlık genom temizledikten sonra, ellerindeki 580.000 nükleotit uzunluğundaki ve 381 gen içeren bu genomu bir başka bakteriye aktarıp; o bakterinin bu genom ile yaşadığını gözlemlemişler – bu arada orjinal bakterinin ortalama genom uzunluğu 580k iken, nasıl temizlenmiş halinin de aynı uzunluğa tekabül ettiğini bir sormak lazım. Bu sentetik bakterinin yeni adını da Mycoplasma laboratorium koymuşlar. Bunun yanında bu yeni bakteriyi ayırt edebilmek için kendisini doğuştan boyalı bir hale getirmişler.

Haberle ilgili karşıma çıkan en detaylı içerik the Guardian‘daydı. Tabii ki çalışmanın detayları bu kısa ve çarpıtılmaya açık kısımdan daha önemli, ama buraya kadar gördüğünüz gibi ne biyolojik silah, ne bir uzaylı, ne de mükemmel olmayan bir yaratığın bahsi geçmiyor. Geçmemeli de zaten.

Aslında popüler-ötesi-popüler-bilim mevzusu çok uzun bir yazı gerektirir ama şimdilik demek istediğimi anlatabilmişmdir herhalde. Gelişme belki güzel, belki ufuk açıcı ama inanın bana bundan çok daha önemli buluşlar, biz bunları tartışırken, sessiz sedasız litaratürde yerini almakta.

Bu arada Craig Venter’ın seksi fotoğrafları için tıklayınız.

Elin canlısı, soyoluş babında, 12 aile birleşmiş de yaklaşık 180 metrelik ağ kurmuş. Biz ise bırak o yakınlıklıktakileri, kendi türümuzle anlaşmaya daha başlamadık.

Düzenleme: Yalan yanlış yazmışım, düzelttim. Pardon, teşekkürler wanderer