Expressed Exons

Artık buraya gönderim yapmayacağım dedim, ama daha dağınık ve laubali de olsa, belki Tumblr hesabıma da bir bakmak istersiniz diye düşünmüştüm: http://armish.tumblr.com.

Bir süredir uzun yazılar yazmamı engelleyen bir şeyler büyüyordu içimde; yaptıklarımı geciktiriyordum, kafamı toparlayamıyordum. Uzun bir uğraş sonunda, tıkanıklık yapan ne varsa içimde yazıya döktüm, kurtuldum.

Bilmiyorum belki üçüncü sayfa haberlerinden esinlendim, belki etrafımda ayıplanarak anlatılan öykülerden. En sonunda kendimi intihar olgusu ve intihar mektupları üzerine düşünürken buldum. İnsanların kararlı bir şekilde ölüme giderken arkasında bırakmak isteyecekleri kırıntıların neler olabileceğini kurguladım durdum. Nihayetinde, insanı intihara sürükleyen şeylerin dile getirilmesinin, intihar mektubunu bekleyecek kadar geç olmaması gerektiğine karar verdim. Kızılan şeylerin, içinden çıkılmazların yaşarken söylenmesinin, bir insana daha çok faydası olacağını düşündüm ve kafamın içindeki tilkilerle yaşadığım yaklaşık 1-2 aylık fısıldaşma sonunda, elime kalemi alıp bir deneme yapacak kadar çok şey biriktirdim kafamda.

İşte Gri Renkli Notlar‘ım, yani fiktif intihar mektubu girişimim buradan ortaya çıktı. Olabildiğine düzensiz, olabildiğine içimden geldiği gibi yazdım, sıkılınca kestim attım; ortaya çıkan şey düşündüğümden farklı olduysa da, içimi rahatlattı. İster buraya, ister aşağıdaki resme tıklayarak siz de göz atabilirsiniz, eleştirilerde bulunabilirsiniz.

Evet, bu mektup tamamen kurgusal. Siz heyecanlanıp beni aradığınızda, ben hala yaşıyor olacağım. Fakat bu mektupla içimde hiçbir şeyin ölmediğini de söylemem. Örneğin çok uzunca bir süre bu blog’a yazı girmeyi düşünmüyorum. Buranın düzenliliği içimi sıkmaya, üzerimde bir yük oluşturmaya başlamıştı artık. Onun yerine daha çeşitli yerlerde, kendimi aramaya devam edeceğim; kalıpları üzerimden atıp içimi sıkan şeylerden elden geldiğince uzaklaşmaya çalışacağım.

Şimdilik uzun yazılara, zorlama işlere elveda. Sizlerle de görüşmek üzere.

Artık uzatmalarını oynadığım lisans eğitimimin, muhtemelen son yazını değerlendirmek için geçen iki ay boyunca Gerstner Sloan-Kettering (GSK) Biyomedikal’in yaz stajı programındaydım. Tam adı Summer Undergraduate Research Program olan, ama genelde kısaca SURP diye bilinen bu program, aslında yalnızca GSK’ya özel bir şey değil. New York dahilindeki pek çok üniversite (NYU, Rockefeller, Columbia, CSHL vs.) ve bazı diğer üniversiteler eş zamanlı olarak SURP yürütüyor.

SURP olanağı sunan yerlerin aynı zamanda doktora programları da olduğundan, tahmin edersiniz ki, SURP’ler aslında okulların kendi doktora programlarını pazarlama araçlarından yalnızca biri. Dolayısı ile 10 haftalık yaz programı boyunca lisans öğrencilerine, lisansüstü öğrencilerin olanaklarının çoğunun tanınmasının ve onlara krallar gibi davranılmasının arkasında değişik nedenler var. Tabi bu nedenler, SURP’e (uluslararası yaklaşık 500 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinin , ortalama bir doktora programına (yaklaşık 100 başvuru ile yürütülen) kabul sürecinden daha yarışmacı olmasında da etkili; zira herhangi bir SURP’e kabulünüz ve program içinden alacağınız bir referans, benzer doktora programlarına kabulünüz için bulunmaz bir bilet haline dönüşüyor.

O şekilde veya bu şekilde, bu programın sunduğu olanaklar–Nobel ödüllü bilim insanlarından konferanslar dinlemek, New York Academy of Science önizlemesi, önyargısız ve tam güvenli bir şekilde araştırmanın bir ucundan tutma şansı verilmesi vs.–Türkiye’de lisans eğitimini tamamlamakta olan bir öğrenci olan ben için eşsiz bir deneyimdi. Ne yazıktır ki, Türkiye’de lisans öğrencileri bırakın araştırma projesi yürütmeyi, daha en temel lab yöntemlerini bile doğru düzgün uygulama fırsatı bulamadan mezun oluyorlar, mezun olmak zorunda kalıyorlar. Bu durumun incelemesi ise yakın zamanda başka bir yazıya.

Neyse, azıcık da iki ay süresince neler yaptığımdan bahsedeyim: Program boyunca, CBio‘da ve Chris Sander‘ın grubunda “Biyolojik yolakların hizalanması ve yolak verilerinin entegrasonu” üzerine çalıştım. Program sonunda ise ortaya şöyle bir (İngilizce) poster çıkabildi:

Çalışma koşullarım normal şartlar altında, sabah saat 9:00′da elimde kocaman bir bardak kahve eşliğinde bilgisayar başına oturup, öğlen yemeğinde kalkmak ve sonrasında geri gelip yorulana kadar (~18:00) bilgisayar başında çalışmak oldu. Böyle bir çalışma ortamı, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoenformatik alanında araştırma yapan lab’ların en çok sevdiğim yanı. Neredeyse tüm gün bilgisayar başında oturup, biyolojik veriler üzerinde çalışabiliyorsunuz ve etrafınızda genelde her konuda (Bilgisayar Bilimi, Genetik, İstatistik, Biyoloji, vs.) danışabileceğiniz veya tartışabileceğiniz insanlar oluyor.

Bu iki aylık süre içerisinde benim danışmanlığımı/tartışmanlığımı ise Emek Demir yaptı. Bu son staj ile beraber, Emek’in yanında toplamda 4 ay geçirmiş oldum, ama bu 4 ay içinde kendisinden normal bir zamanda 4 yılda öğrenebileceğim kadar şey öğrendim. Bu yüzdendir ki kendisinin ne kadar şahane ve kültürlü bir insan olduğunu anlata anlata bitiremeyebilirim. Biyoenformatik çalışma isteğimi körüklemiş, Emek’le tanışmama vesile olmuş ve bu zamana kadar akıl hocalığımı yapmış bir diğer şahane insan ise Murat Çokol. Önümüzdeki doktora başvuruları da umarım iyi geçerse, kendilerinin izlediği yola adım atıp, peşlerini bir süre daha bırakmayacağım gibi görünüyor :)

“Oho, saat 6 olmuş bile” diye geçiriyorum önce içimden; günlerden cumartesi, dışarıda parıldayan ama batmaya hazırlanan güneş… “Eh, artık çıkmam gerek: şimdi giyinsem, 15 dakikada okula varsam, yarım saat hazırlık, 2 saat bekleme, 10 dakika soğuma derken ancak 10 gibi dönerim” diye, şikayetçi değilmiş gibi, geveliyorum lafları.

Yarım saatte okula varıyorum; hazırlık 38 dakika, bekleme 2 saat 13 dakika ve soğuma 21 dakika sürüyor. Bu sefer bölüm koridorları nispeten daha boş–üst katta yalnızca bir lab açık–ve oradan da koridora, 80′lerin rock müziği tınıları yayılıyor. Bu garip kimsesizlikten dolayı, her zamanki gibi sadece-haftasonları-karşılaşan-ve-haftasonu-lab-ta-olduğu-için-hem-hüzün-hem-anlayış-dolu selamlaşmalar yaşanmıyor hiç.

Bekleme süresince, yarınki (yarın pazar!) sınavıma çalışıyorum, yanında da biraz müzik. Başım rock/metal kaldırmayacak kadar ağrılı, kafam caz kaldırmayacak kadar yorgun. Radyo listesinden bir blues istasyonu seçiyorum, lab’taki gereksiz ışıkları kapıyorum, sesi iyice yükseltiyorum. Nedense böyle zamanlar hep bana, Superman’in Fortress of Solitude‘a sığındığı zamanları çağrıştıyor. Halbuki, ne kendimi Superman’le (bir karşı-kahraman olsa neyse), ne de genelde insan kaynayan lab’ımızı şahane bir kaleyle özdeşleştiriyorum. Garip.

Saat 10:27 gibi okulun dış kapısını kitliyorum, yukarıda tez savunması yaklaştığı için deneylerini apar topar yetiştirmeye çalışan bir yüksek lisans öğrencisinin bulunduğu lab’ın ışığı yanmaya başlamış, azıcık içim hüzünleniyor. B kapısından çıkıp her zamanki yokuşu tırmanıyorum, bana nice sabahlar Eti Cin/Süt desteği sağlamış bakkal teyze de dükkanı yavaş yavaş toparlıyor. Yarın gelirken yine uğrarım, yine sağdaki raftan sütü ve kurabiyeyi alır, hep unuttuğum fiyatı tekrar sorar, yine “1.750 yavrum” cevabını alırım diye kuruyorum kafamdan. Bu yol, genelde kuruntularla geçip gidiyor zaten.

Eve gelirken, okulun yurdundan çıkan bir grup süslü-püslü insanla karşılaşıyorum. “Taksim’edir herhalde” diye geçiriyorum içimden. Yamuk kaldırımda topuklularla zar zor yürüyen kızlardan birisi, karşı yönden gelen bana kaçamak bir bakış atıyor; hafif beğenmiş olacak ki  gülümsüyor. Hızlı hızlı yanlarından geçiyorum. İki saniye sonra onlar arkamda, ben onların bıraktığı ağır koku hüzmesinde öksürerek eve doğru yol alıyorum. Bir şeyler yer, bilgisayardan bir dizi izler, biraz çalışır yatarım diye geçiriyorum içimden. Yarın da sınava kalkar, dönerken lab’taki işlerimi bitiririm diye planlıyorum. Bir cumartesi daha geçip gidiyor.

Hayat ne garip… Gelişim biyolojisi, Galois grupları falan.

Here is the download link. Enjoy!

Genelde bu tür şeyler sıcağı sıcağına yazılınca anlamlı oluyor (özellikle de etkinliğe gelemeyenler için), ama bu seferki yazı, şenliğin arkasından çok yoğun birkaç gün geçirdiğimden taa bu güne kadar sarkmış oldu. Neyse, tüm fotoğraflar için buraya, özet için aşağıdaki yazıya göz atabilirsiniz.

1. Gün

Şenlik alanına bir 20 dakika kadar gecikmeli vardım ve ilk dikkatimi çeken şey kayıt numaram oldu: 303. Kendi kendime numaranın neden bu kadar büyük olduğunu düşünürken, günün ilk konuşmacılarından Douglas Crockford‘un olduğu salona girdiğimde pek çok şey açığa kavuşmuştu bile: dolu dolu bir salon.

Douglas’ın sunumunun sonundaki kodları, kürsü önüme geldiği için pek görememeye başlayınca işin ucu kaçtı ve soru/cevap aşamasına geçildiğinde, bir kahve için dışarı çıktım. Kendime koyu bir kahve yaparken, yandaki dolaptaki güzellikler gözümden kaçmadı tabii:

Sunum aralarını genelde kalabalık salonda, çoktandır–neredeyse 2 sene–görmediğim dostlarla sohbet ederek geçirdim. Günün devamında önce Stefan Koch‘un, arkasından Enver Altın‘ın sunumunu izledim. “Linux Nasıl Savunulmaz ve Tanıtılmaz” başlığı altında eski maceralar anlatıldı, günümüzden bir-iki sorun ortaya koyuldu; eğlenceli, güzel bir sunumdu.

Saat 15:00′tan 16:30′a kadar biraz sunumuma göz atıp, sonra da okuldan gelen arkadaşlarımı karşıladım. Sunum, 15-20 dinleyici ile geçti. Sanırım dinleyenleri günün sonunda çok sıkmadan uğurlamayı başardım. Arkasından Bilgi Üniversitesi’nden çıkıp; İstiklal’de yemekti, sohbetti, eve dönmeydi derken saat geç oldu, günün yorgunluğuyla bir güzel uyumuşum zaten.

2. Gün

İlk konuşmaya gitmek için erken kalkayım diyordum, ama yine öngörülen 15-20 dakikalık gecikme ile BS1 salonuna vardım. Cuma günküne göre birazcık daha az bir kalabalık vardı. Google’dan Jonathan Conradt‘ın sunumu ile bol bol–ve artık klasikleşmiş–”Google şöyle süper, böyle süper” söylemleri duyduk,  sonra şöyle hızlıca bir Chrome bilgilendirmesi geldi. Conradt, sunumun en son kısmında web arayüzünden gönderilmiş sorulara tek tek cevap verdi, arkasından da salondakilere söz vermeye başladı. “Eee, siz şimdi tekel olmadınız mı, hani kişisel gizlilik, bik bik…” gibi klasik sorulara genelde esprili ve sakin cevaplar verdi, sıkılgan yüz ifadesinden bolca kaçındı.

Conradt’ın arkasından nargile sever insan Sebastian Kügler‘den KDE4′ün yeni cicilerini ve teknolojilerini dinledim. Bir gösterim sırasında, kendi bilgisayarında yüklü olan kararsız KDE4′ü çökertmeyi başardığı sırada, bir Fluxbox’çı olarak kara kara düşünmekteydim. Bu sırada Gökmen ile Gökçen de yanımda sunumlarına göz atıyorlardı:

Arkasından Gürer Özen‘in sunumunda İnci ile tanışma fırsatı buldum. Sunumda adı geçen özgür yazılımlar kafamda yeni yeni projeler kurmama, sonra da nasıl olsa yapacak vakit olmadığından bunlardan vazgeçmeme vesile oldu. Soru kısmında, bir seyircinin ardı arkasına gelen sorularını saymazsak, şenlikte izlediğim teknik yönden en aydınlatıcı sunumdu.

Bir arkadaşımı karşılayacağımdan, saat 15:00 gibi Bilgi’den ayrılmam gerekmesine rağmen, oyun turnuvalarından birkaç poz almadan çıkamadım açıkçası:

Böylece benim, yani nam-ı diğer #303′ün şenlik macerası burada noktalanmış oldu. İki gün boyunca dolu dolu, keyifli vakit geçirdim; ne yazık ki şenlikle ilgili hiçbir konuda yardımda bulunamadım. Darısı gelecek şenliklere artık, bu seferkinde canla başla uğraşmış herkese teşekkürler.

Son olarak (tekrardan) çektiğim tüm fotoğraflara şuradan göz atabilirsiniz. Titrek ellerim, ISO400′ler, apaçık diyafram, uzun pozlama süreleri gösteriyor ki artık yeni bir makineye ihtiyacım var. :|

Bu seneki şenlik dahilinde, cuma günü 16:30-17:30 arasında “Biyoenformatik Alanında Özgür Yazılımların ve Özgür Verinin Önemi” başlıklı bir seminer vereceğim.

Biyoenformatik başlığı altında, çok fazla terminolojiye girmeden güncel gelişmelerden ve İnsan genom projesi, protein katlama problemi, FightAIDS@Home, semantik-biyolojik ağlar gibi örneklerde özgür yazılımın ve özgür verinin öneminden bahsetmeyi düşünüyorum.

Biyoloji/Genetik ile ilgili bazı sorunların çözümünde bilgisayar bilimine ne kadar bağlı olduğumuzu görmek isterseniz veya bilgisayar biliminin değişik alanlarından uygulamalarından hoşlanıyorsanız, bu  konuşma size göre olacak. Konuşma ile ilgili birkaç ipucu da vereyim, tam olsun:

04:00 – Uyan.

04:30 – Gerçekten uyan. Güzel bir müzik aç. Telefonda cevapsız çağrıları, mesajları gör; ne zaman olduklarını, seslerini ne zaman kapadığını hiç hatırlama.

05:00 – Acıktığını hisset, mutfağa sürü ayakları. Su ısıtıcıda yeterince su var, iyi. Düğmeye bas, o kaynaya kadar buzdolabı açık bir şekilde bekle. Belki göremediğin bir kahvaltılık? Su kaynadı, sanırım yine hazır kurabiyelerden.

05:15 – Gmail, Google Reader, Ek$i Sozluk, Twitter, deviantArt beşlisine göz at. İnsanları takdir et. Konsantre olma zamanı, ders çalış.

06:00 – Gökyüzü şahane bir şekilde kızıllaş, karın tokluğu sıcaklığı iyice bastır. Dışarılara doğru bak, ruh açlığı baş göster, hafiften titre.

07:00 – Beyin duman ol. Soyutluklar içinde kaybol, zaten çalışma odasına dolmaya başlayan sabah Güneş’inden bunal.

07:15 – Kütüphanenin önünde bir süre göbeğini kaşı. Televizyon yanındaki sehpadan kitaba uzan. Ne kadar okumuşum diye şöyle bir bak, ‘aferim’ de kendine. Kaldığın sayfayı aç, devam.

08:30 – Gözler yorul, kafa dol, sosyal meseleler üzerine düşünmüş ol. Müziği banyoya taşı, uzun uzun banyo yap.

09:00 – Ders çalış. Acele de olsa planladığın yere gelmeye çalış.

10:30 – Kafa sonuna kadar dol. Tatlı bir şeyler at ağzına, gardırobun karşısında hangi tişörtü giyeceğine karar ver, sonra ütüle.

11:00 – İnsan içine çık, okula var. Pırıl pırıl parlayan güneş, gözler acı. İnsanların uyanamamış suratına bak, garip ol biraz. “Dersler, sınavlar, yapılacaklar” diye söylenen insan topluluğuna karşı sadık bir birey olarak kafa salla; kafanın doluluğunu, daha önemli sandığın şeylerle meşguliyetini çaktırma. Normal olmaya gayret et. Ağzının yanını yanak kaslarını zorlayarak ger ve bunları tüm gün unutmamaya zorlan.

11:15 – Deneylere başla, derste kitabın aynısını işleyen hocaların derslerine girecek motivasyonu kendinde asla bulama.

13:00 – Hafif acık, koyu bir kahve yap; yanında tatlı bir şeyler atıştır. Unutmaman gerekenleri unutma. Zamanlayıcının kaç dakika daha sayacağına göz at, zaman çabuk geçse diye evrene yalvar.

14:40 – Lab’dan çık, hızlı hızlı insanların arasından yürü. Ayaklar zorla hareket et, yorulduğunu hisset; gözler hafif küçül. Yolda birkaç tanıdıkla karşılaş; yanak kasları acı. 10 dakikalık yol için, sıkış tepiş servise binmek için çirkefleşen insanlardan kaçır gözleri, kulaklıktan gelen müziğin sesini yükselt. Yürürken çaktırmadan insanları kes, her birine bir rol ata kafandan; bazısını sev, bazısını sevme.

15:00 – Sınıfa var, hocanın sağlak mı, solak mı olduğunu düşün; sağda en arka köşeye yerleş. Yerleşirken illa bir yerlere takıl, abuk subuk ol. Çantanı ve eşyalarını sola koy, birinin oraya oturmamasını um. Umduğun şey, asla olma.

16:50 – Ders bit, sen de. Oksijensizlikten kırılan sınıftan zorla at kendini, hafif soğuyan hava sana iyi gel, eve doğru yürümeye başla; radyo eksen’de güzel müzik çalmasını bekle. Yoldaki marketten yiyecek bi’şeyler al, kahvaltı için malzeme almayı hatırlat kendine.

17:30 – Eve var, kulaklığı çıkarır çıkarmaz, bilgisayarın hoparlörünü aç. Üstünü başını at, keyfince bir yemek pişir. Artan bir kişiliği streçle kapla, yarın için dolaba kaldır.

18:30 – Yemeğini alıp TV karşısına geç; cnbc-e’de ne var göz at. Düzenli izlediğin bir şeyse sevin, kumandayı rahat bırak. Yoksa tüm yemek boyunca kumandanın ‘yukarı’ tuşuna basılı tut.

19:30 – Mutafağa git, su ısıtıcının sesi bu sefer hafif içini sık. Kahveni al, bilgisayar başına geç. Yüce 5′liyi tekrar kontrol et, okumaya değer bir şeyler olmasını deli gibi iste, bazen bul. Kahven bitince ders çalış/yapılacakları yap.

21:30 – Gözler deli gibi yan, yatak deli gibi seni çağır. Bildiğin halde saate bir daha bak. Bir saat uyuyup geri kalkarım diye kendini şartla. Aileyi ara; havadan sudan konuş, iyi evlat ol: yorgunluğu çaktırma.

22:00 – Dişini fırçala. Macunun tadı sana ilaçları, o düşünce de sana hasta olduğunu hatırlat. Üşümeni ateşe, halsizliğini gribe ver. Hastalığının hangi evren paralelliğinde olduğunu düşün, saçmala. Yatağa uzan, hakkın olan bir saat uykunun harcadığın her dakikasına yan, ama bin bir türlü düşünceyi aklından bir türlü çıkarama.

22:50 – Çaktırmadan uykuya dal.

23:00 – Çalan alarmı, şartlanmış hareketlerle kapat, geri yatağa yat; ama bunları zihinden hemen at.

(+1) 04:00 – Kendiliğinden uyan. Yine uyuya kaldığını farket, kendi haline hafif gülümse.

(+1) 04:30 – Gerçekten uyan. Güzel bir müzik aç.

(+1) 05:00 – Acıktığını hisset, mutfağa giderken kahvaltı için farklı bir şeyler almayı unuttuğunu hatırla, yine hazır kurabiyelere dadan.

…

Figure 1: 14.7 gels per month since 09/2007*. Gel images clearly show that this student has been significantly obsessed with his work.

* based on months this student was actually working at the lab.

Eski öğrencisi e-posta listesine düşen bir duyuru ile öğrendiğime göre Google Summer of Code 2009 için afişler ve logolar hazırlanmaya başlanmış bile. Görünüşe göre 9-13 Mart içinde AKK proje başvuruları, 23 Mart-3 Nisan arası ise öğrenci başvuruları kabul edilecekmiş.

Demek ki başvurmayı düşünenler için GSOC ile ilgili bilgi edinebilecekleri bir iki yazı okuma ve kafalarının bir köşelerinde yapmayı düşündükleri veya yapageldikleri projeleri yavaş yavaş tartmanın vakti gelmiş çatmış bile. Duyurulur.