Eğer Fold@Home, Rosetta@Home, vb. uygulamaları kullanarak protein katlama hesaplamalarına yardımcı oluyorsanız, bilgisayarınızın oldukça sıkıcı bir şekilde, ekrandaki proteini bir o şekilde bir bu şekilde katladığını da bolca görüyorsunuzdur. Peki, bu iç bunaltıcı denemelere elle müdahele etmek ister miydiniz?

Bugün itibari ile davetiyesiz kayıt almaya başlayan Fold.it projesine katılarak, artık siz de boş zamanlarınızda (ya da dolu zamanlarınızda), eğlenceli bir arayüzden protein katlama problemine katkıda bulunabilirsiniz. Kim bilir, belki de bu oyundaki başarınız ile gelecek Nobel ödülüne siz aday gösterilirsiniz?

Yakın bir zamanda, sabah uyandığımda rafımda bir kavanoz ve yunusları da buradan göç etmiş bulursam hiç şaşırmayacağım.

Kişisel not: Ekranın sol üstünde de görebileceğiniz mükemmel insan Dr. David Baker‘ın, bol uğraştırmalı bir dersin haftalık projesi olarak, oyunu test etmemizi istediğini söylesem bana inanmazlık etmessiniz herhalde?

Dipnot: Ne yazık ki hala Linux sürümü yayınlanmadı.

Yaklaşık olarak 4 yıldır nacizane bilgisayarımda, tek işletim sistemi olarak Linux kullanıyorum. Sabit diskim, gündelik ve hobi amaçlı çoğu işimin altından kalkabilen yazılımlarla dolu. Eğer gereksinim duyduğum işleri bu bilgisayarda yapamıyorsam, bu, yazılımların suçu değil, tam tersine onların nasıl kullanılacağını anlayamamış olan benim suçumdur. Bir kere benimsedikten sonra, işlere bu bakış açısı ile yaklaşmak hem zevkli, hem de araştırmaya itici oluyor. İhtiyacınız olan şeyle ilgili anahtar kelimeleri, yanında “Linux” ile Google’a soruyorsunuz ve ta ta! Yüzlerce sayfa tutan sonuçlar size binbir türlü çözüm yolu sunuyor.

Yalnız, toplumumuz bu yaklaşım tarzını anlamayan veya anlamak istemeyen insanlarla dolu olduğundan, bazı zamanlarda kendimi bir anime karakteri misali, alnımda kocaman bir ter tanesi ile baş başa buluyorum.

Genel örnek

Sabit diskimin küçük olmasından, sistem hafızalarının kısıtlı olmasından, genellikle yazılımları derlemek zorunda olmamdan, hala eski kafayla ayarları metin dosyalarından yapmaya çalışmamdan, bilgisayarım açılırken ne işe yaradığını bilmediğim binlerce birbirine bağımlı ve sonuçta benim için gereksiz olan servislerin açılmasından rahatsız olmamdan, ve bir sürü başka sebepten dolayı, bir süre önce kendimi dağıtım kullanımından men etmeye karar verdim. Gel gör ki, sırf eğlencesinden dolayı kurduğum LFS’nin bir haftalık ayağa kalkma sürecini bir türlü insanlara anlatamıyorum. Çevremdekiler, çekirdeğimin başlatılabilir hale gelmesinden veya X.org’umun sorunsuz bir şekilde o güzelim X imlecini göstermesinin ardından evin içinde attığım mutluluk naralarına bir türlü anlam veremediler. Onun yerine, “bu da böyle bir deli” diyerekten beni aralarına kabul ettikleri için bu insalara minnettarım.

Donanım örneği

Kullandığım çekirdeğin vanilla değil de kahve aromalı olmasından dolayı, abuk subuk binbir türlü “tak-çalıştır” cihazının, benim sistemimde “tak-ama-çalıştırama” hale gelmesi beni hiç mi hiç rahatsız etmezken (işin ucunda ne işe yaradığını öğreneceğim yeni bir çekirdek eklentisi var), kırk yılın başı da olsa “benim bilgisayar tanımadı, 5 dakika seninkinde yapsak”cılardan bolca kötü söz duymuşluğum oluyor. Özellikle yazıcılar konusunda bu sorun ile çok karşılaşıyorum.

Yazılım örnekleri

“Bir 5 dakika senin bilgisayarında”cıların, bana en çok yakındıkları şey kullandığım yazılımlardır herhalde. Başka bir odada olduğumda, bilgisayarımın başına geçip de bomboş ve “başlat menüsüz” bir masaüstü ile karşılaşan insanların odalar arası beddualarına çokça maruz kalırıyorum.

“Bir film koy da izleyelim”cilerin, mplayer’ı başlatmak için yazdığım birkaç rutin komuttan dolayı beni, “filmi açmak için bilgisayardan izin istiyor” gibi bir benzetmeye tabi tutmalarına, zamanında bayağı gülmüşlüğüm oldu.

Kullandığım ofis çözümleri de bir başka sorun. Dersler dolayısı ile her hafta yazmak zorunda olduğum ve içerikten çok görselliğin değerlendirme kriteri olduğu bir akademik dünyada, dökümanların sadece .doc uzantılı dosyalar olduğu sanan insanlar yüzünden de sıklıkla eleştiri alıyorum. Bu insalar, “bir acayip açıldı dökümanın”, “dökümanının neden X’i eksik?” gibi sorularla bana geldiklerinde; bendenizin “OfficeOpen.org kullanıyorum ben” lafından anlam çıkaramazken, açıkçası bu insalara neden ödevimi PDF olarak gönderemediğimi sormaktan veya dosya standartları ile ilgili sıkıcı bir konuşma yapmaktan çekiniyorum. Hatta TeX kullanmaya başladığım şu zamanlarda, “kullandığım figürlerin ilgili konu başlığı altında olmamasından” dolayı puan kırılan ödevlerimden hiç bahsetmiyeyim istersiniz.

Üstüme vazife olmadan aldığım programlama derslerinde de çokça macera yaşadım. Örneğin bir proje için MATLAB’a ihtiyaç duyup, sevgili okulumun lisans sunucusunda “MATLAB for Linux”u bulamayınca, kendilerine konu ile ilgili bir talepte bulunmuş ve sonucunda şu kısa ama anlamlı cevabı almıştım:

“linux ve mac destegi vermiyoruz.”

Şimdilerde bir başka okulda misafirim ve aldığım bir dersin ilk saatinde, pek değerli profesörümüzün şu lafı sonrasında kafamı duvarlara vurmak istediğimi farkettim:

“Ders boyunca MATLAB betikleri yazmanızı gerektirecek ödevler vereceğim. Okulun lab’larındaki bilgisayarları kullanabilirsiniz, ama uğraştığınıza değmez. En iyisi siz bilgisayarınıza yükleyin, zaten MATLAB’ın öğrenci sürümü de oldukça ucuz (99 dolar).”

Gerçi bu sayede Octave ile tanıştım, ama yine de bu, gerçekleri değiştirmiyor.

Virüsler

Tüm bu olumsuzlukların yanında, bahsetmeden geçemeyeceğim bir konu daha var tabii. O da, “madem bilgisayardan bu kadar anlıyormuşsun, gel şu benim bilgisayarı düzelt”çilerin benden bekledikleri çeşitli bilgisayar tavsiyeleri, virüs yazılımları (ne demekse) veya işletim sistemi tamirleri konusundaki başarısızlıklarımı görüp, umarsızca “biz de seni bir şey sanmıştık” lafını sarf etmeleridir herhalde. Sırf bu yüzden bile Linux kullanmaktan soğuyabilir bir insan :P

Neyse, “neden Linux kullanıyorsun ki toplumunun” baskıları bazen beni zor durumda bıraksa da, Linux konusundaki tercihlerimden dolayı hiç pişman değilim; Hatta yukarıdaki şeyler beni, rahatsız etmenin ötesinde, çoğu zaman eğlendiriyor.

Çoook eski zamanlarda, daha İstanbul’a sadece ziyaret amaçlı gelişlerimden birinde; babamı da alıp zorla Tüyap Fuar alanındaki (sanırım) Compex’e katıldığımı hatırlarım. Orada aval aval gezerken, koridora dönük bir monitör ekranında Linux’u gördüğümü ve o ekrandaki karanlık arkaplanın üzerine açılmış sade bir konsolun çok artistik durduğunu düşünmüştüm.

Ondan da çooook eski zamanlarda, daha Linux nedir adam akıllı bilmezken, bilgisayarcı olarak geçindiğimiz bir grup arkadaşa,

“Abi, Linux diye bir şey var; böyle açıyorsun mesela bir resim, sonra komutlarla düzenliyorsun onu. Döndür diye komut veriyorsun dönüyor, kırp diyorsun kırpıyor, vs…”

Büyük ihtimalle zamane Hacker filmlerinin can canlı efektlerinden olsa gerek, hayal gücümün de yardımıyla böyle şahane şeylerin olmasını ve bunu kullanmanın daha da şahane olmasını bekliyordum. Ne yazık ki görsellik arayışlarım çok uzunca bir süre üç beş KDE/KDM teması denemekten, birkaç şeffaf konsol kullanmaktan öteye gidemedi.
Şimdi biraz inadımdan, biraz gereklilikten dolayı Vim, LATeX ve Octave kullanıyorum ve külüstür dizüstümden tam performans alabilmek için neredeyse minimal bir LFS üzerinde, pencerelerimi eski dost fluxbox’a emanet ediyorum. Az önce kendimi (ödev için) Octave’de çalıştırdığım basit bir nöron simulasyonun grafiklerini, çeşitli komutlarla görsel yönden tamamlar ve  bunları bir güzel TeX’e aktarıp çıktı olarak aldığım PDF’e aptal bir hayranlıkla bakarken buldum.

Şu fani dünyada, yaptığım gereksiz işler için böyle bir masaüstünü kullanabilmek, böyle bir çalışma ortamını yakalayabilmek, işler ne kadar sıkıcı olursa olsun, yapılan işi bitirme konusunda inanılmaz yardımcı oluyor.

Bir süredir -bütün bilgisayarların orta alana baktığı bir lab’ın içinde zamanımı geçirdiğimden- insanların önünde tüm gün açık duran ekranlarındaki şu üç görüntüye, uzaktan da olsa, aşina hale geldim:

Cep telefonu, ev telefonu, facebook, e-posta hepsi süper ve çok sıklıkla kullandığım kanallar, fakat bunları da bir o kadar yetersiz kullanıyorum; daha doğrusu öyle olmak zorunda kalıyor. Ee tabii bu yüzden, zaten nadir olan arkadaş topluluğum bana ulaşamadığından şikayetçi. Ben de üşenmedim, durumumu anlatayım, bir günah çıkarayım dedim.

Şimdi öncelikle şunu belirtmem gerekiyor: ben okuldaki bir genetik lab’ında gönüllü ve oldukça da istekli olarak emek vermeye başlamış bir insanım.  Burası normal, ama benim gibi yaptığı işe kafayı takan insanlar için durum anormalleşiyor. Efendim, ben bu dönem programımı mümkün olduğunca boş bıraktım ki, lab’da çalışmaya fırsatım olsun, şu kısa öğrenim hayatımda edinebildiğim kadar tecrübe edineyim diye. Durum böyle olunca haftanın oldukça büyük bir kısmını lab denilen mekanda geçiyorum. Bu ortamda benden kıdemce oldukça üstün insanlar bulunduğu için, ben bu insanların yanında telefon açmaya, geyik yapmaya çokça çekiniyorum. Zaten orada bulunduğum sürenin çoğunda ellerim dolu olduğu için; işi yarıda bırakmak, eldiveni çıkarmak, konuşmak, geri gelmek, eldiveni tekrar takmak, işe devam etmek çok bütük sıkıntı. Bu yüzendir ki, genelde yaptığım şey telefonu direk cebimden meşgule düşürmek. Bir deneyde yapılacakların ne zaman biteceğini kestirmek gerçekten çok zor. Hiç olmadık şeyle, hiç olmadık zamanlarda patlak verebiliyor - özellikle benim gibi çaylaklar için. Bu yüzden lab’dan çıkış saatim neredeyse hiçbir zaman belli değil.

Şimdiye kadar telefonunuzu açmadığım çoğunluğa hitap etmiş oldum zaten. Devam edersem;

Şu bir iki senedir inanılmaz bir unutkanlığım olduğunu söylemem lazım. “Madem meşgüle düşürdün, çıkınca ara be adam” diyenler burada haklılar, ama unutuyorum. Özellikle de cevapsız çağrılara geri dönmeyi. Mesajlar ve e-postaların bazıları için de bu geçerli. Neyse ki bazıları alışık bu duruma, benden bir sonraki gün cevap aldıklarında şaşırmıyorlar; e-postalar için bir hafta sonra bile olduğu oluyor.

Diğer bir şey, uyku düzenimin olmaması. Evet, ben bazen sabahlıyorum; sonrasında ise akşam üstü yatıp, gece kalkıyorum. Bazen tam tersi oluyor. Bu yüzdendir ki, akşam 9′da aç(a)madığım bir telefon, benim için dünde kalmış olabiliyor.

Çok olmasa da, hoşlanmadığım insanlara telefonu açmadığım da doğru.

Size geri dönmememin bir sebebi de utancım olabilir. Yukarıda saydıklarımdan birini veya birden fazlasını yaşattığım bir insana karşı inanılmaz mahçup oluyorum, o insana ne yazacağımı/söyleceğimi bir türlü kesinleştiremiyorum.

Neyse böyleyken böyle,  umarım sizlerin anlayış sınırlarını zorlamıyorumdur; lütfen beni mazur görünüz.

İki hafta mıydı, üç hafta önce miydi tam bilemeyeceğim; devletimizin Nuh’un Gemisi adı altında, herkesin kullanımına açık bir biyoçeşitlilik veriatabanını internet üzerinde yayına soktuğunu öğrenmiştim. Öğrenmekle kalmayıp, veritabanınını incelemek için hemen web sayfasını ziyaret ettim; hatta kayıt için kullanıcı kayıt formunu bile güzel güzel doldurdum. O zaman öğrendim ki, kullanıcı kayıtları yönetimin elinden geçiyormuş: yaklaşık olarak bir haftalık bir onay süreci olacağını öğrendikten sonra, azıcık daha sabretmeye ve bir hafta beklemeye karar verdim.

Bugün kaydımın üzerinden yaklaşık 2-3 hafta geçmiş oluyordu ki, unuttuğum bu veritabanı yeniden aklıma düşüverdi. Belki kabul etmişlerdir de, e-posta kaybolmuştur diye umup giriş yapmayı denedim, olmadı. Sonra gidip bir daha kayıt yaptırayım dedim, kullanıcı adımın kullanıldığını söyledi. Demek ki, önceki kaydım bir yerlerde saklı duruyor ve de sevgili yetkililerin onayını bekliyor. Öyle kalakaldım.

E be canım yetkililer ben size ne diyeyim? Madem güzel bir işin altına giriyorsunuz, bari o işi güzel yapın ki anlamı olsun. Mis gibi veritabanı (umarım öyledir) orada kuzu kuzu duruyor, sizin o güzel keyfinizin gelip kullanıcıları onaylamasını bekliyor. Yazık değil mi?

Şikayetçiyim hakim bey, yapın bir güzellik…

Yakında takacağız bunlardan anlaşılan:

Dünkü haberleri okuyan/dinleyen/izleyen pek çok kişinin dudakları uçukladı! Ademoğlunun/Havvakızının sıfırdan canlı yaratma çalışmalarının başarıya ulaştığı, arka fonda Requirem For a Dream film müziğiyle beraber bas bas renkli kutulardan gözlerimize sokuldu. Bu inanılmaz haberi duyan habercilerimiz kendilerini sokaklara atıp, vatandaşın nabzını bile yokladı:

[M] uhabir - Bilim adamları yapay canlı üretmiş, sizce nasıl bir şey olur?

[V]atandaş[1] - Bilmem ki, ot gibi bir şey olur herhalde…

[V2] - Allah-u Teala’nın yarattığı bizler gibi mükemmel olmayacağı kesin….

[V3] - Bilmem de, Amerika’nın eline geçmez inşallah…

Televizyonlarımız bu gelişmenin bilimde bir dönüm noktası olduğunu, artık hastalıklı insanların yapay kromozomlarla iyileştirilebileceğini, bunların yanında bu teknolojinin kötü amaçlar dahilinde biyolojik silahlar için kullanılabileceğini bile belirttiler.

Bir kısım insan hayretler içerisinde bu haberleri izlerken, diğer kısımdakiler ise kıs kıs gülmekte idi. Eminim siz de ikinci kısımdasınızdır ve bu çok ama çok çarpıtılmış haberlerin gerçek olmadığını bildiğiniz gibi bu girdiyi de azıcık daha keyiflenmek için okuyorsunuz, değil mi?

Bu tartışma yaratan buluş ünlü mü ünlü Craig Venter‘ın icatlarından. Kendisi ile ilgili detaylı bilgi için daha geçen ay içinde girilmiş “Craig Venter Sequenced” başlıklı, Sayın Venter’ın genomunun analizini içeren girdiye şöyle bir göz atabilirsiniz. Evet kendisi bildiğimiz insan. Peki bu ünlü şahsiyetin “yapay yaşam” adı altında piyasaya sürülen icraati tam olarak nedir?

Venter ve ekibi Mycoplasma genitalium bakterisinin gereksiz olduklarını düşündükleri yaklaşık 1/5 kadarlık genom temizledikten sonra, ellerindeki 580.000 nükleotit uzunluğundaki ve 381 gen içeren bu genomu bir başka bakteriye aktarıp; o bakterinin bu genom ile yaşadığını gözlemlemişler - bu arada orjinal bakterinin ortalama genom uzunluğu 580k iken, nasıl temizlenmiş halinin de aynı uzunluğa tekabül ettiğini bir sormak lazım. Bu sentetik bakterinin yeni adını da Mycoplasma laboratorium koymuşlar. Bunun yanında bu yeni bakteriyi ayırt edebilmek için kendisini doğuştan boyalı bir hale getirmişler.

Haberle ilgili karşıma çıkan en detaylı içerik the Guardian‘daydı. Tabii ki çalışmanın detayları bu kısa ve çarpıtılmaya açık kısımdan daha önemli, ama buraya kadar gördüğünüz gibi ne biyolojik silah, ne bir uzaylı, ne de mükemmel olmayan bir yaratığın bahsi geçmiyor. Geçmemeli de zaten.

Aslında popüler-ötesi-popüler-bilim mevzusu çok uzun bir yazı gerektirir ama şimdilik demek istediğimi anlatabilmişmdir herhalde. Gelişme belki güzel, belki ufuk açıcı ama inanın bana bundan çok daha önemli buluşlar, biz bunları tartışırken, sessiz sedasız litaratürde yerini almakta.

Bu arada Craig Venter’ın seksi fotoğrafları için tıklayınız.

İnsanın canı bazen, yapılacakları bir kenara itip şunlardan bir tane alıp, bir de içine şunlardan düzenek kurup; sonrasında aylarca başında oturacağı şeyler tasarlamak istemiyor değil hani. Sıkıyoruz dişimizi…

Elin canlısı, soyoluş babında, 12 aile birleşmiş de yaklaşık 180 metrelik ağ kurmuş. Biz ise bırak o yakınlıklıktakileri, kendi türümuzle anlaşmaya daha başlamadık.

Düzenleme: Yalan yanlış yazmışım, düzelttim. Pardon, teşekkürler wanderer